Epidemiology of Salmonella in the animal chain using a genomic approach
Epidémiologie des Salmonelles en filière animale par approche génomique
Résumé
During the EMISSAGE project, genomic diversity of French Salmonella enterica subsp. enterica strains isolated from two food sectors was investigated. The genomes of 267 strains of S. Typhimurium and its monophasic variant isolated from western pig slaughterhouses and of 148 strains of S. Mbandaka originating from North-West dairy farms and processing factories were sequenced. Their genomic diversity was characterized either based on coregenome data (genomic information common to the whole set of strains of a same serovar) with an historical pipeline (iVARCall2), and based on pangenome (the sum of the genomic information of the strains of a same serovar) with a newly developed pipeline (pgSNP). These serovars harbored different genomic diversity. The identifications of genomic markers of country location (for the pork serovar) and animal origin (for the dairy serovar) were not specific enough to be applied on a routine basis to rapidly identify the origin of the studied serovars.
Le projet EMISSAGE a étudié la diversité génomique de souches françaises de 3 sérovars de Salmonella enterica subsp. enterica d'importance majeure en filière agro-alimentaire. Les génomes de 267 souches de S. Typhimurium et son variant monophasique issues d'abattoirs porcins de la région Grand Ouest et de 148 souches de S. Mbandaka isolées de fermes et d'ateliers laitiers du Nord-Ouest ont été séquencés. Leur diversité génomique a été analysée soit sur le coregénome (la part du génome partagée par l'ensemble des souches du sérovar étudié) avec un pipeline historique (iVARCall2), soit sur le pangénome (l'information génomique totalisée par l'ensemble des souches) avec un pipeline nouvellement développé (pgSNP). Ces sérovars montrent des diversités génomiques différentes. Les identifications de marqueurs génomiques spécifiquement liés à l'origine géographique ou de la spécificité d'hôte ne se sont pas avérées assez discriminantes pour une identification rapide de l'origine des souches sur le terrain.
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