La plateforme de services en bioinformatique, ATGC Montpellier propose du calcul, des services web, des pipelines et des ressources logicielles pour le traitement et l'analyse de données de biologie moléculaire. Elle est spécialisée dans l'analyse de données de séquençage haut-débit, les analyses de biologie évolutive (comme la reconstruction phylogénétique), la génomique comparative, et les analyses de séquences. Parmi les logiciels proposés, la majorité est issue des activités de recherche de l'équipe MAB du LIRMM. On citera par exemple LoRDEC pour la correction de séquençage à longues lectures, ou PhyML pour l'inférence de phylogénie, qui sont largement utilisés dans le monde et ont obtenu une labellisation européene de l'infrastructure Elixir en 2020.

La plateforme de bioinformatique ATGC participe aux deux infrastructures nationales que sont France Génomique (FG), et l'Institut Français de Bioinformatique (IFB), dont ATGC est plateforme fondatrice.

Concernant l'analyse de données de séquençage haut-débit, la plateforme accompagne des projets de recherche principalement en génomique et transcriptomique (voir par ex. le projet génome de l'algue O. tauri publié dans [Blanc-Mathieu et al. 2014] ou en cancérologie (voir l'analyse transcriptome-traductome publiée dans [Relier et al. 2021]).

ATGC a récemment développé une expertise en placement phylogénétique pour l'analyse de données de métabarcoding et de métagénomique, et propose des logiciels efficaces et précis IPK et EPIK pour ce type d'analyse.

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