L’UMR MEDIS regroupe environ 80 personnes (titulaires, CDD, stagiaires) et résulte de la fusion de deux unités : l’UR Microbiologie de l’Inra Theix et l’unité CIDAM (Conception Ingénierie et Développement de l’Aliment et du Médicament) de l’université d’Auvergne. L’UMR MEDIS est localisée sur deux sites géographiques différents : l’Inra de Theix et le site des facultés de médecine et de pharmacie de Clermont-Fd.
La spécificité de l’UMR MEDIS : étudier les grandes fonctions du microbiote intestinal et leurs rôles dans la santé de l’Homme.
3 axes de recherches :
L’axe 1, Microbiote Intestinal et Métabolisme des Aliments et Xenobiotiques (MIMAX), caractérise les fonctions du microbiote en lien avec l’alimentation et la nutrition, notamment le rôle bénéfique de dégradation des fibres et des polyphénols ou délétère de métabolisation des composés méthylés et des xénobiotiques (polluants trouvés au niveau de l’alimentation : qu’il s’agisse de résidus de pesticides, d’autres polluants environnementaux ou issus des procédés de cuisson). Les bactéries et les archées sont au centre des études. Dans cet axe, le continuum de l’aliment aux fonctions du microbiote est principalement étudié.
L’axe 2, Pathogènes Alimentaires Zoonotiques (PAZ), est dédié aux pathologies infectieuses et au rôle de barrière du microbiote dans la chaîne alimentaire, à la fois au niveau de l’hôte (microbiote intestinal) et de l’aliment (flores technologiques). Les pathogènes principalement étudiés sont les Escherichia coli pathogènes intestinaux, en particulier entéro-hémorragiques, que l’on retrouve tout au long de la chaîne alimentaire. Présents chez le bovin (porteur sain), ils sont retrouvés au niveau des aliments (vecteurs), animaux ou végétaux, et peuvent finalement infecter l’Homme, induisant des pathologies sévères. Un des objectifs de l’unité est d’étudier les comportements et les capacités d’adaptations de ces pathogènes dans toute la chaîne alimentaire, et d’essayer d’en limiter les capacités de propagation à l’Homme.
L’axe 3 explore le dialogue entre le microbiote intestinal et l’hôte, dans le contexte de pathologies digestives fonctionnelles (ex syndrome de l’intestin irritable) ou infectieuses (E. coli) ou de pathologies extra-digestives (ex polyarthrite rhumatoïde). L’objectif des travaux est de mieux comprendre les mécanismes impliqués dans le processus de la physiopathologie étudiée, et en particulier d’identifier le ou les métabolisme (s) microbiens intervenant dans ce dialogue. Des stratégies, combinant l’utilisation de probiotique ou pharmabiotique et des technologies de vectorisation gastrointestinale, permettant de rétablir les perturbations du microbiote et de son métabolisme sont également recherchées afin de pouvoir, à terme, proposer de nouvelles thérapies. Modèles : animaux à microbiote contrôlé (ou gnotobiotiques), systèmes artificiels digestifs mimant l’ensemble du tractus digestif, organes isolés, cohortes chez l’Homme (études cliniques).
Outils de caractérisation à haut débit des microbiotes avec la plateforme de capture de gènes par hybridation, le stockage et le traitement des données de séquençage au travers de la plateforme de bioinformatique AuBi -Auvergne bioInformatique- et du mésocentre et accès à la plateforme d’exploration du métabolisme (INRA Theix).
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