La biodiversité et le fonctionnement des écosystèmes sont régulièrement menacés par la présence d'une grande variété de polluants à des concentrations variables. Cette diversité des contaminants ainsi que leurs faibles concentrations peut compliquer l'identification des contaminants néfastes pour l'écosystème. Dans ce contexte, l'étude des communautés microbiennes peut fournir des outils et concepts intéressants afin d'identifier les contaminants altérant la structure ou le fonctionnement des communautés et ainsi estimer leur impact potentiel sur l'écosystème. En effet, la pollution chronique des écosystèmes agit comme une pression de sélection sur les communautés microbiennes, entraînant la disparition des espèces sensibles et favorisant les espèces résistantes. In fine, cette selection naturelle entraîne une augmentation de la tolérance de toute la communauté au contaminant auquel elle a été exposée, suivant le principe de l'acquisition de tolérance induite par la contamination (PICT : "Pollution induced community tolerance") popularisé par Blanck et al. (1988). En écotoxicologie des communautés microbiennes (notamment aquatiques), ce phénomène est utilisé comme une méthode a priori de détection des contaminants. Ainsi, plusieurs études ont mis en évidence le lien entre augmentation de la tolérance microbienne à un pesticide (e.g. diuron, Pesce et al., 2016) ou à un métal et la présence de ce contaminant dans l'environnement, en concentration et/ou fréquence suffisante pour induire des changements dans la communauté microbienne. Néanmoins, le développement de cette approche fait face à plusieurs défis méthodologiques et conceptuels. Tout d'abord, l'établissement de niveaux de tolérance de référence semble essentiel pour appliquer l'approche PICT en s'affranchissant de la comparaison avec un site de référence. Cela ne peut se faire sans une campagne à large échelle, incluant de nombreux sites de référence bien caractérisés et basée sur des tests de toxicité aiguë standardisés et adaptés aux communautés étudiées (périphyton, communauté microbienne attachée aux sédiments). Ensuite, les conséquences d'une acquisition de tolérance à un polluant pour le fonctionnement de la communauté microbienne ou de l'écosystème sont inconnues. En effet, l'approche PICT n'apporte aucune information sur l'état des communautés microbiennes ou leur vulnérabilité. D'une part, l'acquisition de tolérance à un contaminant peut protéger la communauté microbienne d'une contamination similaire suivant le principe de co-tolérance. D'autre part, le « coût » de l'adaptation permettant une augmentation de la tolérance de la communauté est généralement associée à une perte de biodiversité qui pourrait augmenter la vulnérabilité des communautés en cas de stress multiple (Loreau & de Mazancourt, 2013). Plusieurs études ont mis en avant le concept de co-tolérance microbienne entre différents stresseurs (Bonnineau et al., 2012; Tlili et al., 2010) mais des connaissances supplémentaires sont nécessaires pour évaluer plus largement la vulnérabilité à d'autres stresseurs d'une communauté microbienne résistantes à la contamination. Cette présentation a pour objectif de présenter le concept du PICT à travers quelques exemples pour ensuite proposer une discussion sur les liens entre adaptation, acquisition de tolérance, biodiversité et vulnérabilité des communautés microbiennes.