L'UMR Ecologie Microbienne oriente ses activités dans les domaines de la microbiologie et de l’écologie. Elle fait notamment partie de l’Institut Fédérative de Recherche Bio-Environnement et Santé (IFR 41). L’écologie microbienne a pour objectifs de connaitre la physiologie des microorganismes et l’influence de leurs activités sur les autres organismes et sur l’environnement en général, et, de façon symétrique, de préciser l’impact des facteurs biotiques et abiotiques du milieu sur ces microorganismes, de l’échelle individuelle aux communautés présentes dans un écosystème. Travaillant sur quelques fonctions-clés pour le fonctionnement de l’écosystème global comme la dénitrification ou la fixation d’azote, nous décrivons les populations microbiennes impliquées, leur diversité et leurs fluctuations, les effets de ces populations sur la fonction considérée et surtout, le rôle de ces fonctions dans l’avantage sélectif (« fitness »). A un autre niveau conceptuel, les outils que nous utilisons relèvent de la microbiologie, que celle-ci soit physiologique, génétique, taxonomique ou biochimique. Notre unité se situe au carrefour de plusieurs champs de recherches, l’écologie microbienne étant un véritable domaine interdisciplinaire.

Axes de recherche
L’UMR Ecologie Microbienne comporte 8 équipes de recherche travaillant sur des thématiques variées :

 Symbiose Actinorhizienne
 Adaptation des Microorganismes Eucaryotes à leur Environnement (AMEE)
 Rhizosphère
 Diversité et adaptation des bactéries phytopathogènes
 Diversité fonctionnelle microbienne et Cycle de l’Azote
 Bactéries Pathogènes Opportunistes et Environnement
 Dynamique Microbienne et Transmission Virale
 Multi-résistance Environnementale et Efflux Bactérien