J. Apajalahti, A. Kettunen, and H. Graham, Worlds Poult. Sci. J, issue.60, pp.223-232, 2004.

M. Arumugam, J. Raes, E. Pelletier, L. Paslier, D. Yamada et al., Nature, issue.473, pp.174-180, 2011.

Q. Aziz, J. Doré, A. Emmanuel, F. Guarner, and E. M. Quigley, Neurogastroenterol. Motil, issue.25, pp.4-15, 2013.

Y. S. Bajagai, A. V. Klieve, P. J. Dart, and W. L. Bryden, Editor Makkar. H.P.S. FAO Animal Production and Health Paper, vol.108, 2016.

S. Bashiardes, G. Zilberman-schapira, and E. Elinav, Bioinform. Biol. Insights, issue.10, pp.19-25, 2016.

M. H. Bento, A. C. Ouwehand, K. Tiihonen, S. Lahtinen, and P. Nurminen, Vet. Med, issue.58, pp.449-458, 2013.

H. Blottière, W. M. De-vos, S. D. Ehrlich, and J. Doré, Curr. Opin. Microbiol, issue.16, pp.232-239, 2013.

F. G. Boroojeni, W. Vahjen, A. Mader, F. Knorr, and I. Ruhnke, Poult. Sci, issue.93, pp.1440-1452, 2014.

S. Brugiroux, M. Beutler, C. Pfann, D. Garzetti, and H. J. Ruscheweyh, Nat. Microbiol, issue.2, p.16215, 2016.

F. Calenge, C. Martin, L. Floch, N. Phocas, F. Morgavi et al., INRA Prod. Anim, issue.27, pp.209-222, 2014.

I. Cho and M. J. Blaser, Nat. Rev. Genet, issue.13, pp.260-270, 2012.

K. Y. Choi, T. K. Lee, and W. J. Sul, Asian-Australas. J. Anim. Sci, issue.28, pp.1217-1225, 2015.

J. C. Clemente, L. K. Ursell, L. W. Parfrey, and R. Knight, Cell, issue.148, pp.1258-1270, 2012.

J. Czerwinski, O. Hojberg, S. Smulikowska, R. M. Engberg, and A. Mieczkowska, Br Poult Sci, issue.51, pp.258-269, 2010.

J. L. Danzeisen, H. B. Kim, R. E. Isaacson, Z. J. Tu, T. J. Johnson et al., Trends Microbiol, vol.6, issue.11, pp.100-112, 2011.

A. Dzutsev, R. S. Goldszmid, S. Viaud, L. Zitvogel, and G. Trinchieri, Eur. J. Immunol, issue.45, pp.17-31, 2015.

E. A. Franzosa, X. C. Morgan, and N. Segata, Proc. Natl. Acad. Sci, pp.2329-2338, 2014.

I. Gabriel, S. Mallet, M. Leconte, A. Travel, and J. P. Lalles, Animal Feed Science and Technology, issue.142, pp.144-162, 2008.

I. Gabriel, J. Lalande, I. Tea, F. Gondret, S. Lagarrigue et al., 11ème Journées de la Recherche Avicole et Palmipèdes à foie gras, Tours, pp.565-569, 2015.

J. Gong, H. Yu, T. Liu, J. J. Gill, J. R. Chambers et al., J. Appl. Microbiol, issue.104, pp.1372-1382, 2008.

S. Guardia, B. Konsak, H. Juin, M. Lessire, P. Rideaud et al., Poult. Sci, issue.90, pp.1878-1889, 2011.

D. Jozefiak, B. Kieronczyk, M. Rawski, M. Hejdysz, A. Rutkowski et al., Animal, issue.8, pp.912-922, 2014.

E. Kiarie, L. F. Romero, and C. M. Nyachoti, Nutr. Res. Rev, issue.26, pp.71-88, 2013.

L. Chatelier, E. Nielsen, T. Qin, J. Prifti, E. Hildebrand et al., Nature, issue.500, pp.541-547, 2013.

J. Li, H. Jia, X. Cai, H. Zhong, Q. Feng et al., Nat Biotechnol, issue.32, pp.834-841, 2014.

J. Lu, C. L. Hofacre, and M. D. Lee, J. Appl. Poult. Res, issue.15, pp.145-153, 2006.

J. Ludvigsen, B. Svihus, and K. Rudi, Front. Vet. Sci, issue.3, p.16, 2016.

B. S. Lumpkins, A. B. Batal, and M. D. Lee, Poult. Sci, issue.89, pp.1614-1621, 2010.

H. Meng, Y. Zhang, L. Zhao, W. Zhao, C. He et al., PLoS One, issue.9, p.135488, 2014.

S. Mondot and P. Lepage, Ann. N. Y. Acad. Sci, issue.1372, pp.9-19, 2016.

S. Mondot, T. De-wouters, J. Doré, and P. Lepage, Dig. Dis, issue.31, pp.278-85, 2013.

A. P. Neumann and G. Suen, J. Appl. Microbiol, issue.119, pp.1515-1541, 2015.

H. B. Nielsen, M. Almeida, A. S. Juncker, S. Rasmussen, J. Li et al., Nat. Biotechnol, issue.32, pp.822-830, 2014.

S. Nordentoft, L. Molbak, L. Bjerrum, D. Vylder, J. Van-immerseel et al., BMC Microbiol, issue.11, p.187, 2011.

B. B. Oakley, H. S. Lillehoj, M. H. Kogut, W. K. Kim, J. J. Maurer et al., FEMS Microbiol. Lett, issue.360, pp.100-112, 2014.

J. Pauwels, B. Taminiau, G. P. Janssens, M. De-beenhouwer, L. Delhalle et al., J. Microbiol. Methods, issue.117, pp.164-70, 2015.

S. Perumbakkam, H. D. Hunt, and H. H. Cheng, FEMS Microbiol. Ecol, issue.90, pp.300-312, 2014.

J. M. Pitt, M. Vétizou, N. Waldschmitt, G. Kroemer, M. Chamaillard et al., Cancer Res, issue.76, pp.4602-4609, 2016.

O. Polansky, Z. Sekelova, M. Faldynova, A. Sebkova, F. Sisak et al., Appl. Environ. Microbiol, issue.82, pp.1569-1576, 2016.

M. Pourabedin and X. Zhao, FEMS Microbiol. Lett, issue.362, p.122, 2015.

A. Ptak, M. R. Bedford, S. Swiatkiewicz, K. Zyla, and D. Jozefiak, Plos One, issue.10, p.3, 2015.

J. Qin, R. Li, J. Raes, M. Arumugam, K. S. Burgdorf et al., Nature, issue.464, pp.59-65, 2010.

N. Qin, F. Yang, A. Li, E. Prifti, Y. Chen et al., Nature, issue.513, pp.59-64, 2014.

A. Qu, J. M. Brulc, M. K. Wilson, B. F. Law, J. R. Theoret et al., PLoS One (8), e2945, ISME J, issue.10, pp.2973-2977, 2008.

D. Schokker, G. Veninga, S. A. Vastenhouw, A. Bossers, F. M. De-bree et al., BMC Genomics, issue.16, p.418, 2015.

M. J. Sergeant, C. Constantinidou, T. A. Cogan, M. R. Bedford, C. W. Penn et al., PLoS One, issue.9, p.91941, 2014.

Y. Singh, V. Ravindran, T. J. Wester, A. L. Molan, and G. Ravindran, Poult. Sci, issue.93, pp.607-616, 2014.

M. U. Sohail, M. E. Hume, J. A. Byrd, D. J. Nisbet, M. Z. Shabbir et al., Avian Pathol, issue.44, pp.67-74, 2015.

D. Stanley, S. B. Wu, N. Rodgers, R. A. Swick, and R. J. Moore, PLoS One, issue.9, p.104739, 2014.

D. Stanley, Appl. Microbiol. Biotech, issue.98, pp.4301-4310, 2014.

D. Stanley, M. S. Geier, H. Chen, R. J. Hughes, and R. J. Moore, BMC Microbiol, issue.15, p.51, 2015.

D. Stanley, R. J. Hughes, M. S. Geier, and R. J. Moore, Front. Microbiol, issue.7, p.187, 2016.

V. A. Torok, R. J. Hughes, L. L. Mikkelsen, R. Perez-maldonado, K. Balding et al., App. Env. Microbiol, issue.77, pp.5868-5878, 2011.

F. Vasaï, K. Brugirard-ricaud, M. D. Bernadet, L. Cauquil, O. Bouchez et al., FEMS Microbiol Lett, issue.87, pp.204-216, 2014.

M. Walugembe, J. C. Hsieh, N. J. Koszewski, S. J. Lamont, M. E. Persia et al., Poult. Sci, issue.94, pp.2351-2359, 2015.

S. Widder, R. J. Allen, T. Pfeiffer, T. P. Curtis, C. Wiuf et al., ISME J, issue.10, pp.2557-2568, 2016.

N. Wilkinson, R. J. Hughes, W. J. Aspden, J. Chapman, R. J. Moore et al., Appl. Microbiol. Biotechnol, issue.100, pp.4201-4210, 2016.

S. E. Winter and A. J. Bäumler, Gut Microbes, issue.2, pp.58-60, 2011.

M. Witzig, A. Carminha-silva, R. Green-engert, K. Hoelzle, E. Zeller et al., PLoS ONE, issue.10, p.143442, 2015.

L. Xiao, J. Estellé, P. Kiilerich, Y. Ramayo-caldas, Z. Xia et al., Nat. Microbiol, 2016.

L. Xiao, Q. Feng, S. Liang, S. B. Sonne, Z. Xia et al., Nat. Biotechnol, issue.33, pp.1103-1111, 2015.

P. Yarza, P. Yilmaz, E. Pruesse, F. O. Glöckner, W. Ludwig et al., Nat. Rev. Microbiol, issue.12, pp.635-645, 2014.

L. Zhao, G. Wang, P. Siegel, C. He, H. Wang et al., Scientific Reports, issue.3, p.1163, 2013.