M. J. Kim, Y. Ahn, and J. Park, Curr. Opin. Biotechnol, vol.13, pp.578-587, 2002.

M. J. Kim, Y. K. Choi, S. Kim, D. Kim, K. Han et al., Org. Lett, vol.10, pp.1295-1298, 2008.

J. Nyhlen, B. Martin-matute, A. G. Sandstrom, M. Bocola, and J. E. Backvall, ChemBioChem, vol.9, pp.1968-1974, 2008.

O. M. Connell, A. Bach, I. I. , C. Balibar, N. Byrne et al.,

Y. Zhang, D. Zhang, D. Zhou, and . Ho, Chirality, vol.19, pp.658-682, 2007.

F. Bordes, E. Cambon, V. Dossat-letisse, I. André, C. Croux et al., ChemBioChem, 2009.

R. Kato, H. Nakano, H. Konishi, K. Kato, Y. Koga et al., J. Mol. Biol, vol.351, pp.683-692, 2005.

Y. Koga, K. Kato, H. Nakano, and T. Yamane, J. Mol. Biol, vol.331, pp.585-592, 2003.

T. Schulz, J. Pleiss, and R. D. Schmid, Protein Sci, vol.9, pp.1053-1062, 2000.

X. Li, M. Lähitie, M. Päiviö, and L. T. Kanerva, Tetrahedron: Asymmetry, vol.18, pp.1567-1573, 2007.

K. D?bkowska and K. W. Szewczyk, Biochem. Eng. J, 2009.

D. Guieysse, J. Cortes, S. Puech-guenot, S. Barbe, V. Lafaquiere et al., ChemBioChem, vol.9, pp.1308-1317, 2008.

D. Guieysse, C. Salagnad, P. Monsan, M. Remaud-siméon, and V. Tran, Tetrahedron: Asymmetry, pp.1807-1817, 2003.

M. S. Apaydin, D. L. Brutlag, C. Guestrin, D. Hsu, J. C. Latombe et al., J. Comput. Biol, vol.10, pp.257-281, 2003.

A. P. Singh, J. C. Latombe, and D. L. Brutlag, Proc. Int. Conf. Intell. Syst. Mol. Biol, pp.252-261, 1999.

J. Cortes, T. Simeon, M. Remaud-siméon, and V. Tran, J. Comput. Chem, vol.25, pp.956-967, 2004.

J. Cortes, T. Simeon, V. Ruiz-de-angulo, D. Guieysse, M. Remaud-siméon et al., Bioinformatics, vol.21, issue.1, pp.116-125, 2005.

S. Kirillova, J. Cortes, A. Stefaniu, and T. Siméon, Proteins: Struct., Funct. and Bioinf, vol.70, pp.131-143, 2008.

X. Tang, B. Kirkpatrick, S. Thomas, G. Song, and N. M. Amato, J. Comput. Biol, vol.12, pp.862-881, 2005.

A. Enosh, B. Raveh, O. Furman-schueler, D. Halperin, and N. Ben-tal, Biophys. J, vol.95, pp.3850-3860, 2008.

B. Raveh, A. Enosh, O. Schueler-furman, and D. Halperin, PLoS Comput. Biol, 2009.

N. M. Amato, K. A. Dill, and G. Song, J. Comput. Biol, vol.10, pp.239-255, 2003.

G. Song, S. Thomas, K. A. Dill, J. M. Scholtz, and N. M. Amato, Pac. Symp. Biocomput, pp.240-251, 2003.

V. Ruiz-de-angul, J. Cortés, and T. Siméon, Proc. Robotics: Science and Systems, 2005.

J. Cortés, L. Jaillet, T. Siméon, and . Int, Robotics and Automation, 2007.

S. Puech-guenot, V. Lafaquière, D. Guieysse, L. Landric-burtin, P. Monsan et al., J. Biomol. Screen, vol.13, pp.72-79, 2008.

S. Barbe, V. Lafaquière, D. Guieysse, P. Monsan, M. Remaud-siméon et al., Proteins: Struct., Funct. and Bioinf, 2009.

J. D. Schrag, Y. Li, M. Cygler, D. Lang, T. Burgdorf et al., Structure, vol.5, pp.187-202, 1997.

K. K. Kim, H. K. Song, D. H. Shin, K. Y. Hwang, and S. W. Suh, Structure, vol.5, pp.173-185, 1997.

S. M. La-valle and J. J. Kuffner, Algorithmic and computational robotics: New Directions (WAFR2000), pp.293-308, 2001.

J. Cortés, S. Barbe, M. Erard, T. Siméon, and . Int, Robotics and Automation, 2009.

J. Ottosson, L. Fransson, and K. Hult, Protein Sci, vol.11, pp.1462-1471, 2002.

J. Ottosson, J. C. Rotticci-mulder, D. Rotticci, and K. Hult, Protein Sci, vol.10, pp.1769-1774, 2001.

E. Y. Lau, K. Kahn, P. A. Bash, and T. C. Bruice, Proc. Natl. Acad. Sci, vol.97, pp.9937-9942, 2000.

D. Guieysse, C. Salagnad, P. Monsan, and M. Remaud-simeon, Tetrahedron: Asymmetry, vol.14, pp.317-323, 2003.

D. A. Case, T. E. Darden, I. T. Cheatham, C. L. Simmerling, J. Wang et al.,

B. Zhang, S. Wang, A. Hayik, G. Roitberg, K. F. Seabra et al.,

S. Wu, V. Brozell, H. Tsui, L. Gohlke, C. Yang et al., , vol.9, 2006.

Y. Duan, C. Wu, S. Chowdhury, M. C. Lee, G. Xiong et al., J. Comput. Chem, vol.24, 1999.

M. C. Lee and Y. Duan, Proteins, vol.55, pp.620-634, 2004.

J. Aaqvist, J. Phys. Chem, vol.94, pp.8021-8024, 1990.

U. Essmann, L. Perera, M. L. Berkowitz, T. Darden, H. Lee et al., J. Chem. Phys, vol.103, pp.8577-8593, 1995.

J. P. Ryckaert, G. Ciccotti, and H. J. Berendsen, J. Comput. Phys, vol.23, pp.327-336, 1977.

S. C. Harvey, R. K. Tan, and I. T. Cheatham, J. Comput. Chem, vol.19, pp.726-740, 1998.

B. Kramer, M. Rarey, and T. Lengauer, Proteins: Struct., Funct. and Genetics, vol.37, pp.228-241, 1999.

M. Rarey, B. Kramer, T. Lengauer, and G. Klebe, J. Mol. Biol, vol.261, issue.3, pp.470-489, 1996.

W. Humphrey, A. Dalke, K. Schulten, and J. Molec, Graphics, vol.14, pp.33-38, 1996.

W. L. Delano, The PyMOL Molecular Graphics System, 2002.