Le rapport de phase I de la présente étude avait pour objectif de proposer, à l'échelle du territoire métropolitain, une approche régionale de la typologie des écosystèmes d'eaux courantes adaptée aux préconisations de la Directive Cadre Européenne sur l'Eau. Le présent rapport a deux objectifs principaux : définir et caractériser les Hydro-écorégions pour la France métropolitaine, et tester de manière indépendante la validité de cette approche pour définir les conditions de référence des peuplements d'invertébrés benthiques. Une carte à l'échelle du 1/1.000.000ème des Hydro-écorégions est fournie, assortie d'une classification et d'une description détaillée. Au total, 22 HER-1 ont été identifiées sur des critères combinant le géologie, le relief et le climat, considérés de manière universelle comme les déterminants primaires du fonctionnement des écosystèmes d'eaux courante. Ces HER-1, couplées à une description longitudinale du réseau à partir des rangs de Stralher, fournissent la base de la typologie requise pour la mise en application de la Directive. Un deuxième niveau de régionalisation est également défini, aboutissant à la description quantifiée d'une centaine d'hydro-écorégions de niveau 2. Ces HER-2 servent à préciser la variabilité interne des HER-1. Nous avons analysé une base de données interne au Cemagref, regroupant 239 relevés faunistiques à la famille, échantillonnés sur 88 stations de référence, réparties dans 10 HER-1. Dans l'ensemble, l'analyse des peuplements d'invertébrés benthiques valide de manière très satisfaisante l'approche par hydro-écorégions. Cette conclusion se fonde sur quatre points principaux : Il existe une distribution " écorégionale " des peuplements d'invertébrés; l'effet " écorégion " apparaît largement prépondérant par rapport à l'influence des autres facteurs comme le rang ou la saison, qui apportent toutefois une part significative d'explication à la distribution des peuplements et devront être pris en compte; des comparaisons entre la typologie par hydro-écorégions et des classifications automatiques effectuées directement sur la faune montrent que le pouvoir discriminant des 6 écorégions est très bon, voire excellent, puis qu'il explique selon les méthodes utilisées 85% à 97% de la variance maximale explicable par une classification faunistique en 6 groupes; cette régionalisation de la faune se traduit par des variations significatives de métriques fondamentales utilisées en bioindication, notamment la richesse taxonomique et la distribution des groupes de taxons indicateurs qui constituent l'IBGN. En conclusion, la typologie des eaux courantes par Hydro-écorégions constitue une approche robuste, opérationnelle et scientifiquement fondée pour la mise en application de la Directive Cadre Européenne sur l'Eau.