L'indice de référence des communautés de macrophytes des plans d'eau proposé par le Bayerisches Landesamt für Wasserwirtschaft ("Agence bavaroise de gestion des eaux") est un outil permettant d'évaluer la qualité écologique d'un plan d'eau à partir de ces communautés. Dans ce protocole, chaque taxon appartient à un groupe indicateur de l'état écologique du milieu naturel en fonction du type de lac dans lequel il a été prélevé. De plus, et cet aspect n'a pas été abordé ici, un indice trophique peut être calculé à partir des communautés de diatomées qui, en association avec l'indice de référence macrophyte, qui peur permettre d'affiner les résultats dans l'évaluation de l'état écologique des plans d'eau. Par ailleurs, en complément de l'étude sur les macrophytes, le SEQ Plans d'eau inclut également le calcul d'indices basés sur les communautés de phytoplancton, d'invertébrés benthiques et de poissons. La prise en compte de l'ensemble des biocénoses est nécessaire dans l'évaluation globale de la qualité écologique d'un plan d'eau. Le test d'application du protocole bavarois réalisé à partir des données recueillies sur les deux plans d'eau naturels du littoral landais choisis pour l'étude en Adour Garonne montre que ce protocole donne des résultats relativement cohérents avec les interprétations d'état écologique qu'il est possible de faire à partir d'autres types d'approches de cet état. Toutefois, il serait souhaitable de réaliser des tests complémentaires intégrant l'ensemble des données recueillies sur ces deux plans d'eau et sur les autres plans d'eau français pour lesquels des données sur les macrophytes sont disponibles dans la base Cemagref dans une forme compatible avec le protocole allemand.