Ce travail a visé à croiser une approche écologique et une approche anthropologique pour identifier au final quelle(s) espèces de poissons migrateurs pourrait symboliser la reconquête de la qualité de l'estuaire de la Seine. Les espèces impliquées obligent immédiatement à reconsidérer les limites géographiques du travail et en fait à raisonner à l'échelle du bassin de la Seine. L'approche écologique a été menée à deux échelles. Dans une approche macroécologique nous avons identifié à l'aide de modèle GLM puis GAM, les variables environnementales expliquant la présence ou l'absence historique des quatorze espèces de poissons migrateurs présentes en Europe de l'ouest. Cette présence historique des espèces est considérée comme une approximation de leurs distributions naturelles, l'amélioration en cours de la connectivité longitudinale et l'arrêt des pollutions majeures permet de considérer cette distribution naturelle comme une mesure de la favorabilité des différents bassins. Les modèles obtenus sont de bonne qualité et permettent de confronter les espèces présentes actuellement en Seine avec leurs probabilités de présence issues du modèle à la fois pour les conditions environnementales actuelles et de tester un scénario de réchauffement climatique. Pour certaines espèces la favorabilité de la Seine dans les conditions actuelles concorde avec la présence historique des espèces : alose feinte, grande alose, esturgeon européen, saumon atlantique, pour d'autres espèces : éperlan, mulet porc, le modèle indique des probabilités de présence plus faibles alors que les espèces étaient et sont encore présentes. Avec le scénario de réchauffement climatique la Seine constituerait un environnement favorable pour les deux espèces d'aloses, l'esturgeon européen et le mulet porc; il serait sans doute encore acceptable pour le saumon atlantique et les deux espèces de lamproies mais risquerait de ne pas permettre le maintien de l'éperlan. L'analyse des conditions d'habitats (débit, oxygène ,température en janvier et juillet, granulométrie, faciés hydrodynamiques) et leur accessibilité (connectivité longitudinale) rencontrés dans quatre secteurs sélectionnés du bassin (Estuaire, Andelle, Epte, seine amont) a permis grace à l'outil SIG de localiser dans ces secteurs les habitats existants et fonctionnels pour les différentes espèces de poissons migrateurs. A l'issue de cette phase d'analyse écologique trois espèces se dégagent : l'éperlan (malgré une incertitute sur la pérennité de sa présence en seine) la truite de mer et la grande alose, chacune de ces espèces pouvant être considérée comme l'espèce phare d'un secteur particulier du bassin. Les enquêtes anthropologiques font ressortir une très faible appropriation des poissons (et à fortiori des poissons migrateurs) par les usagers de la Seine, hormis les pêcheurs et les services associés ils sont inconnus et ignorés des acteurs du bassin qui ne leur accordent pas une signification particulière. Toute utilisation d'une ou de plusieurs espèces de poissons migrateurs devra donc être accompagné de mesures d'informations et de sensibilisation au milieu aquatique et à sa faune.