Les limites du protocole MEDD-Réserves de description et de suivi des peuplements forestiers métropolitains (en particulier dans les espaces naturels protégés) dans le cadre de projets de recherche relèvent de divergences d'approches. La recherche expérimentale se penche en effet sur la répétition de placettes élémentaires', sur lesquelles sont caractérisés pour l'étude de leur corrélation, à la fois le peuplement local et d'autres compartiments écologiques (faune, flore). Un réseau de suivi national nécessite en revanche une maille ou une grille de placettes déployées pour appréhender une entité forestière (réserve, parcelle, massif). La nécessité d'adapter le protocole réserves' est illustrée par 2 projets de recherche en écologie forestière coordonnés par le Cemagref, et dont la finalité consiste à décrire un ou plusieurs compartiments ligneux en tant qu'habitats d'organismes forestiers. Le projet RESINE (REprésentations Sociales et Intérêts écologiques de la NEcromasse), en cours, utilise un protocole dendrométrique (bois vivant et mort), adapté du protocole réserves' afin d'améliorer la représentativité spatiale et la prise en compte de l'hétérogénéité spatiale autour du point focal. Il implique ainsi un élargissement de la surface de mesure autour du point central, et la différenciation de plusieurs échelles spatiales concentriques pour restituer les données de peuplement à ces différentes échelles locales. Il comporte également des mesures plus intensives de la nécromasse et notamment l'inclusion de compartiments négligés dans le protocole réserves' (petit bois mort debout, souches, bois mort du houppier), qui se sont révélés quantitativement importants, variables et non corrélés systématiquement à d'autres compartiments traditionnellement mesurés. Le projet GNB (Intensité de Gestion, degré de Naturalité et Biodiversité forestière), actuellement en préparation, vise à étudier l'impact de la non-gestion (et des facteurs associés parmi lesquels les variables dendrométriques) sur la biodiversité forestière. Il nécessite une caractérisation globale de chaque réserve par une maille de placettes extensives, mais aussi une appréhension fine des points d'échantillonnage de la biodiversité à l'intérieur des réserves par une placette intensive. Ces adaptations pour la recherche plébiscitent un protocole plus modulaire, à intensité variable, avec des options de suivi concernant les compartiments non-ligneux de l'écosystème forestier (faune, flore).