L'objectif de ce papier est de proposer des procédures d'élaboration et de mise ½uvre des programmes agri-environnementaux pour assurer leur efficacité environnementale et sociale, lorsque les processus bio-physiques en jeu sont caractérisés par des effets de seuils. La régulation publique est confrontée à deux problèmes bien distincts : d'une part les asymétries d'information, relevant classiquement de la théorie des contrats et des solutions qu'elle préconise, et d'autre part une incertitude que partagent régulateur et agents sur la relation entre pratiques agricoles et états de l'environnement. Ces deux difficultés se cumulent fréquemment dans les programmes agri-environnementaux et peuvent conduire, en présence d'effets de seuils, à l'absence d'effet environnemental et au découragement des agriculteurs. A partir d'un modèle micro-économique et de l'analyse approfondie d'un exemple, cette contribution montre qu'une gestion pérenne et évolutive des programmes permet une capitalisation locale des compétences et un gain d'efficacité. Cette gestion vise à tirer parti d'économies d'échelle et d'apprentissage tant managériales que techniques, à condition de spécifier des contrats dont la réalisation contribue à préciser et à quantifier des effets de seuil souvent mal connus et localement spécifiques. Dans certains cas, l'instauration par le régulateur d'un taux minimal de contractualisation dans une zone donnée constitue une information conduisant à accroître la probabilité de participation des agriculteurs.