Dynamics of rhizoplane bacterial communities subjected to physicochemical treatments in hydroponic crops
Dynamique des communautés bactériennes rhizoplanes de cultures hydroponiques soumises à des traitements physico-chimiques variés
Résumé
A highly manageable hydroponic system based on the nutrient film technique was designed to provide accurate regulation of the physicochemical and microbiological environment of roots to investigate the rhizoplane microbial dynamics of rose plants. Bacterial communities adhering to roots were subjected to pH and active free chlorine regulation, to determine up to what point they were established. PCR-SSCP fingerprinting showed that pH was a potentially strong stabilisation factor for root microbial communities. Active free chlorine had no quantitative effect when applied at a concentration of 0.15 mg l-1, but did have a selective effect on well established bacterial communities, which were resistant to this strong physicochemical perturbation. Thus, for the control of soilborne diseases, the established community should be investigated, to determine its prior resistance to inoculation or to manage its physicochemical environment, increasing its robustness and excluding biological perturbation.
Un système pratique de culture hydroponique a été conçu à l'aide de films nutritifs pour permettre une régulation précise des paramètres physico-chimiques de racines de rosiers afin d'étudier l'évolution dynamique de la communauté microbienne racinaire. Les racines ont été soumises à des pH et des concentrations de chlore libre actif variés afin de déterminer les valeurs limites d'altération des communautés bactériennes adhérentes. Les empreintes moléculaires obtenues par PCR-SSCP ont montré que le pH est un facteur de stabilisation fort pour les communautés microbiennes racinaires. Le chlore actif libre n'a pas d'effet quantitatif sur la communauté microbienne lorsqu'il est appliqué à une concentration de 0,15 mg l-1, mais il a un effet sélectif sur les communautés bactériennes bien établies, et favorise les populations résistantes à cette forte perturbation physico-chimique. Ainsi, pour le contrôle des maladies issues du sol, les communautés microbiennes racinaires devraient être étudiées afin de déterminer leur résistance aux conditions environnementales appliquées pour augmenter leur robustesse et réduire les perturbations biologiques.