La Seine et son estuaire sont étudiés depuis une vingtaine d'années à l'aide de deux programmes scientifiques : Piren Seine et Seine Aval. Ces programmes regroupent des chercheurs de diverses disciplines des sciences de la nature et de la société. Ce croisement de disciplines s'est avéré nécessaire pour comprendre un milieu sur lequel l'homme a une forte emprise, en suivre les évolutions, et proposer des aménagements destinés à contrebalancer les effets des activités ou du moins contribuer à ce que les écosystèmes puissent continuer à assurer leurs fonctions. Au niveau international, la directive européenne sur l'eau établit un cadre pour une politique communautaire de gestion de l'eau douce. Elle fixe l'objectif d'opérer une vigilance pour un bon état écologiques des eaux, état qui est à préserver sinon à restaurer. A travers cet objectif, la question est aussi explicite : que signifie un bon état écologique et quels peuvent en être les marqueurs ? Parmi ceux-ci, les poissons peuvent-ils jouer un rôle ?