Une étude de l'impact des pollutions agricoles (nutriments, pesticides) sur la structure des assemblages de diatomées périphytiques des cours d'eau a été menée sur un réseau de 18 sites du système Neste (Sud-Ouest de la France) pendant deux années (2005-2006). Principalement réparti au long de 4 bassins versants de la zone des « Coteaux de Gascogne » (Save, Touch, Sousson, Gèze), le dispositif de stations suivies a été complété notamment par deux bassins versants expérimentaux instrumentés (Montoussé, Hay). Les systèmes de production sont basés sur une agriculture intensive faisant une large place aux cultures estivales irriguées ou non (dominantes maïs, oléagineux et céréales à paille). Ces activités étant la source principale de contamination des cours d'eau par les pesticides, les campagnes d'échantillonnage ont été conçues de manière à correspondre aux périodes de traitement (sortie d'hiver à début d'été). La typologie des communautés échantillonnées, basée sur une classification par SOM (Kohonen, 1995), permet d'obtenir des biotypes homogènes (Tison et al., 2004; Park et al., 2006) pour lesquels l'influence relative des différents facteurs d'ambiance (physicochimie des eaux, contamination par les pesticides) a ensuite été déterminée. La structure des assemblages spécifiques met en évidence un effet marqué de la pression agricole, avec des effets combinés entre apports organiques (ammoniaque notamment) et pesticides. Les différentes méthodes d'estimation de la contamination par les pesticides (concentrations instantanées, nombre de molécules, risque potentiel spatialisé - Macary et al., 2007) soulignent la pertinence de l'utilisation d'un indicateur global spatialisé du risque de pollution diffuse par les pesticides, incluant vulnérabilité du milieu et pression anthropique, souvent plus exploitable que les mesures ponctuelles dans les eaux.