Les travaux présentés dans ce rapports correspondent au programme de travail 2007 réalisé en concertation entre le Bureau Mer du Ministère de l'Ecologie, du Développement et de l'Aménagement Durables et le Cemagref de Bordeaux, conformément à l'Accord Cadre entre les deux parties. Les travaux ont pour objectif général d'assister l'Etat français pour satisfaire aux exigences de la Directive Européenne sur l'Eau dans le domaine de compétence du Cemagref sur les poissons dans les eaux de transition. Ce rapport se compose de neuf chapitres, chacun correspondant à une action du programme de travail de 2007 annexé au présent document. Pour certaines actions, le travail est décrit en détail en présentant les résultats et conclusions des études. Pour d'autres actions, les travaux sont présentés en terme d'indicateurs de réalisation, incluant les dates et lieux de participation à des groupes de travail.