La recherche agro-environnementale repose de plus en plus sur des approches systémiques et la simulation informatique. Nous montrons ici l'intérêt des automates et autres formalismes de Systèmes à Événements Discrets (SED) dans une démarche de conception des processus de décision en production agricole. Nous assignons deux objectifs à cette conception. Le premier est d'analyser la performance attendue du système selon les critères du développement durable. Le second est de réaliser un transfert de connaissances et d'expertise au travers des modèles de processus de décision. Un tel transfert est une condition nécessaire à l'expérimentation à grande échelle de systèmes innovants complexes. Nos exemples concernent les traitements de deux maladies de la vigne, le mildiou et l'oïdium. L'objectif est de réduire le nombre de traitements, actuellement responsable d'une forte consommation de pesticides par la viticulture. Nous présentons un aperçu de nos modèles réalisés dans deux formalismes : les Statecharts et les automates temporisés. Les Statecharts ont servi de support à l'élicitation des connaissances d'une équipe de phytopathologistes et d'outil de simulation à l'échelle de la parcelle. La vérification (« model-checking ») des automates temporisés est utilisée à l'analyse de faisabilité temporelle des décisions prises parcelle par parcelle dans une utilisation efficiente des ressources de l'exploitation.