Ce projet vise à développer pour les besoins de la Directive Cadre sur l'Eau, un indicateur multi-métriques de la qualité des masses d'eau de transition (MET), basé sur la composante ichtyologique. Il se décline à l'origine en 4 actions, dont les 2 dernières ont été fusionnées pour les besoins de ce rapport : Action 1) Réalisation d'inventaires ichtyologiques des MET, de types différents, dans les 5 bassins français soit au total 46 MET. Les données des inventaires 2007 en Loire Bretagne (excepté pour la Loire réalisée en 2006), n'ont pu être incluses dans le développement de l'indicateur car disponible trop tardivement (mars 2008) . Action 2) Les données poisson et physico-chimie des sites de pêche, issues des inventaires, sont intégralement stockées dans la base de données « POMET », créée à cet effet. Ces données sont compatibles avec le système d'administration national des données et référentiels sur l'eau (SANDRE) et avec le système d'évaluation de l'état des eaux (SEEE), actuellement en développement par l'ONEMA pour les besoins de rapportage européen. La base POMET accueillera aussi les futures données des contrôles de surveillance. Ce système d'information opérationnel est aussi consultable par Internet. Action 3) et 4) Toutes ces données « poisson » sont ensuite croisées, avec des données sur les caractéristiques physiques et les pressions anthropiques des MET. Un indice de pressions anthropiques (pollutions organiques et métalliques, pressions sur le vivant et l'habitat, pressions d'occupation du sol rivulaire) a d'ailleurs été développé spécifiquement dans cette optique. En effet, en l'absence de toute référence naturelle pour les eaux de transition françaises (c'est-à-dire non impactée), nous avons choisi une approche comparative entre masses d'eau (ou systèmes estuarien regroupant plusieurs MET), plus ou moins soumises à la pression des activités humaines. Cette étude est donc basée sur l'analyse des triplets - caractéristiques physiques x - pressions anthropiques x - inventaire ichtyofaunistique. L'utilisation de modèles linéaires généralisés (GLM) a permis de mettre en évidence des relations pression-impact sur plusieurs métriques candidates. Les métriques ayant la meilleure significativité et ayant un comportement conforme à la réponse attendue de la métrique vis-à-vis d'une augmentation de la pression ont été sélectionnées. Parmi elles, 4 métriques sur les estuaires et 3 métriques sur les lagunes ont permis de calculer des seuils discriminant 3 «états» des peuplements. Une méthode de scoring et des règles d'agrégation des métriques ont été développées pour obtenir au final un indicateur multi-métriques. Son application à toutes les MET, ou systèmes estuariens, fourni une note globale pour l'élément de qualité « poisson », avec la classe de qualité dans laquelle la masse d'eau se situe. Des évolutions de l'indicateur actuel sont déjà prévues, de façon à mieux ajuster les seuils du «bon état » et à améliorer la robustesse du diagnostic. Les travaux actuellement en cours, pour l'intercalibration européenne des outils de classification, pourront également conduire à des ajustements.