La Directive Cadre sur l'Eau (DCE directive 2000/60/CE), instaure l'utilisation d'indicateurs ichtyologiques pour le suivi de l'état écologique des masses d'eau de transition (MET estuaires et lagunes). A partir de données ichtyologiques issues de campagnes DCE réalisées sur 13 estuaires en France métropolitaine, un premier travail, basé sur une approche multispécifique via l'utilisation de guildes écotrophiques, a montré que certaines métriques liées à la fonction de nourricerie des estuaires étaient fortement impactées par un indice de contamination globale des eaux estuariennes. Cet indice de contamination globale est considéré comme un bon proxy des impacts anthropiques qui touchent les estuaires. Sur la base de ces premiers résultats, le présent travail présente une méthodologie pour la création d'indicateurs ichtyologiques liés aux masses d'eau de transition qui soient fonctionnels dans le cadre de la DCE : détermination de seuils et normes de référence permettant de distinguer entre plusieurs états écologiques de la masse d'eau, approche préliminaire pour la détermination d'un effort d'échantillonnage minimal, etc. Cette méthodologie a été développée sur l'exemple de la fonction de nourricerie des estuaires.