Les masses d'eau de transition (MET estuaires et lagunes), telles que définies par la Directive Cadre sur l'Eau (DCE directive 2000/60/CE), assurent une fonction de nourricerie pour de nombreuses espèces de poissons marins. Elles sont néanmoins soumises à de fortes pressions anthropiques qui conduisent à la destruction de l'habitat et à la dégradation de sa qualité, et mettent en danger le renouvellement des espèces concernées. Pour le suivi de l'état des MET, la DCE institutionnalise, entre autres, l'utilisation d'indicateurs ichtyologiques. Un projet du programme national Liteau 2 du Ministère en charge de l'Environnement vise notamment à développer des indicateurs « poissons » pour ce suivi. Dans ce cadre un inventaire ichtyologique standardisé est en cours de réalisation sur une large gamme de MET en France. A partir des données ichtyologiques issues de cet inventaire, plusieurs métriques représentatives de la fonction de nourricerie des MET ont été définies ; elles sont basées sur une approche multispécifique via l'utilisation de guildes écologiques. Ensuite, la sensibilité de ces métriques au protocole de récolte des données ainsi qu'à des facteurs environnementaux a été évaluée. D'autre part, des indicateurs de contamination chimique des MET ont été développés. Enfin, des modèles pressions / impacts ont été réalisés pour déterminer l'effet des pressions anthropiques sur la fonction de nourricerie des MET. Ce travail montre qu'avec un protocole standardisé d'inventaires ichtyologiques, une bonne couverture spatiale et la prise en compte de facteurs environnementaux, il est possible de mettre en évidence les effets négatifs conséquents de certains contaminants sur la fonction de nourricerie des estuaires. Ces contaminants provoquent la diminution de l'abondance et du nombre d'espèces de juvéniles qui utilisent les estuaires comme nourricerie. Finalement, une méthodologie pour définir des normes et des points de référence a été développée afin de créer des indicateurs ichtyologiques liés à la fonction de nourricerie des MET qui soient opérationnels dans le cadre de la DCE.