Les différents éléments de qualité biologique (EQB) concernés par la mise en oeuvre de la Directive Cadre européenne sur l'Eau (DCE 2000/60/CE) et utilisés comme indicateurs écologiques pour l'évaluation des eaux de surface sont le phytoplancton, le phytobenthos, les macrophytes, les invertébrés benthiques et les poissons. Le présent travail compare les différentes méthodes existantes pour l'évaluation de l'état écologique des plans d'eau à partir des communautés phytobenthiques et propose une application de celles-ci dans cinq lacs naturels situés dans la région Aquitaine. Plusieurs indices biologiques utilisés par d'autres pays européens en lacs ou en cours d'eau ont été appliqués et comparés, démontrant une sensibilité adéquate de la plupart des indices. Parmi eux, l'indice français IBD2007 donne une vision globale assez juste de l'état écologique de ces plans d'eau, et, moyennant des améliorations, pourrait être utilisé comme métrique nationale d'évaluation de la qualité des milieux lacustres. Ces améliorations à apporter à l'indice concerneraient principalement la réévaluation de certains profils écologiques d'espèces rarement rencontrées en cours d'eau, l'intégration de nouvelles espèces typiques des plans d'eau et l'intégration d'éléments concernant le caractère invasif d'espèces exotiques. Ce rapport propose également un protocole d'échantillonnage DCE-compatible pour la mise en oeuvre standardisée des prélèvements de phytobenthos en plans d'eau, préconisant un échantillonnage sur macrophytes émergées sur des sections de tige localisées en zone photique et en contact permanent avec la masse d'eau afin d'estimer au mieux la qualité de l'eau et non celle de l'herbier. Quelques éléments relatifs aux premières étapes d'intercalibration européenne des méthodes basées sur le phytobenthos pour l'évaluation de la qualité des lacs sont également fournis ici. Des analyses préliminaires utilisant les données acquises sur les lacs aquitains, à partir desquelles a été calculé l'IBD2007, indiquent que cette métrique pourrait être utilisée dans le cadre des exercices d'intercalibration européenne.