La mise en oeuvre de la Directive Cadre sur l'Eau (DCE - Directive 2000/60/EC) nécessite d'évaluer l'état des communautés piscicoles des masses d'eau de transition, par le développement de méthodologies d'échantillonnage et d'interprétation des résultats, permettant le classement de cette composante dans l'une des 5 classes de qualité. Une méthodologie a été développée afin de créer un indicateur « poisson » capable de qualifier l'état écologique des masses d'eau de transition françaises (Lepage et al., 2007; Girardin et al., 2009). Cet indicateur est composé de plusieurs descripteurs du peuplement (métriques), permettant ainsi de caractériser divers aspects des peuplements de poissons. De plus, cet outil prend en compte à la fois les caractéristiques physiques des masses d'eau et les pressions anthropiques qui s'exercent sur ces milieux. Le choix des métriques constituant l'indicateur est basé sur un travail rigoureux de modélisation et d'interprétation de la réponse induite par une pression d'origine anthropique sur chacune de ces métriques. Les travaux précédents (Courrat et al., 2009 ; Girardin et al., 2009 ; Delpech et al., in press) ont permis d'identifier 4 métriques pour les estuaires et 3 métriques pour les lagunes méditerranéennes. Néanmoins, pour améliorer le degré de confiance dans le diagnostic obtenu et sa robustesse, il serait nécessaire de développer environ 6 métriques par type de masse deau de transition (estuaires et lagunes). De façon à assurer une homogénéité dans les outils et le diagnostic fourni selon les divers pays impliqués dans la DCE, il est nécessaire de procéder à leurs intercalibrations. Les travaux d'intercalibration des différents outils de classification européens sont toujours en cours et l'état d'avancement entre les deux GIGs qui nous concernent est très différent. Les travaux du GIG MED n'en sont qu'au tout début alors que, dans le GIG NEA, un calendrier a été établi jusqu'en 2010. Au niveau national, l'indicateur poisson en eaux de transition a été intégré dans le Système d'Évaluation de l'État des Eaux (SEEE). Le SEEE est développé par l'ONEMA, en partenariat avec Logica (Société de Services en Ingénierie Informatique) et Géo-Hyd (société d'études et de services à double compétence Informatique et Environnement). Le but du SEEE est de mettre à disposition des utilisateurs, gestionnaires et experts, un outil d'évaluation et de diagnostic des masses deau. Cet outil fourni également les éléments nécessaires au rapportage DCE. Il réunit tous les indices développés dans les différents types de masses d'eau (cours d'eau, plans d'eau, eaux de transition, eaux côtières et eaux souterraines) pour l'ensemble des éléments de qualité concernés (chimie, biologie : végétaux, faune benthique, ichtyofaune, etc.). En 2008, la base de données DCE du Cemagref dénommée « POMET » a été transmise à l'Onéma et à ses partenaires pour être incorporée aux autres données alimentant le SEEE. De plus, des fiches détaillées ont été complétées pour chacune des métriques et indicateurs afin de faciliter la compréhension de la méthode d'évaluation de la qualité des masses d'eau de transition et le développement des scripts de calcul. Dans la continuité des travaux menés en 2008, ce rapport est constitué de 3 volets majeurs : - développement de l'indicateur « poisson » pour les eaux de transition, - intercalibration européenne, - interfaçage avec le système d'évaluation (SEEE).