La mise en oeuvre de la Directive Cadre sur l'Eau (DCE - Directive 2000/60/EC) nécessite d'établir des conditions de référence par type de masses d'eau. Ces références, correspondant à des conditions peu ou non anthropisées, permettront ainsi de caractériser le très bon état, niveau de qualité maximale recherché de ces milieux. Dans le cas des eaux de transition françaises, soumises à de fortes perturbations liées aux impacts des activités humaines, il n'existe plus aujourd'hui de situation pouvant répondre aux critères de très peu ou pas perturbé et donc pas de site de référence observable pour chaque type de masse d'eau. Il est également difficile de reconstituer historiquement de telles références car très peu de séries chronologiques de données sur l'ichtyofaune sont disponibles. Une construction théorique par simulation à l'aide de modèles mathématiques s'avère donc être nécessaire pour aller au delà du dire d'expert. Les eaux de transition sont des écosystèmes très variables et naturellement stressés qui sont également exposés à de fortes pressions anthropiques (Dauvin, J.C., 2007 ; Elliott, M. and Quintino, V, 2007). La majorité des communautés faunistiques et floristiques sont adaptées à la forte variabilité spatiale et temporelle des conditions naturelles de ces milieux. Il est donc difficile de distinguer au sein des changements de communautés et d'abondances, la part de variabilité due aux changements naturels des conditions environnementales de la part lié aux perturbations d'origine anthropique. Ce problème bien spécifique aux milieux de transition a été décrit par Dauvin, J.C. (2007) et Elliot et Quintino (2007) et appelé « estuarine quality paradox ». Ainsi, l'approche adoptée, de type « pression-impact »(Wasson, J.G., Villeneuve, B, Mengin, N, Pella, H and Chandesris, A, 2005), a consisté à modéliser la variabilité de divers descripteurs du peuplement (métriques) en fonction de pressions anthropiques tout en tenant compte de paramètres décrivant la variabilité du protocole d'échantillonnage et des caractéristiques physiques du système qui sont susceptibles d'influer sur la structure des peuplements de poissons dans les estuaires et les lagunes (Elliott, M. and Dewailly, F, 1995 ; Elliott, M. and Hemingway, K, 2002 ; Lobry, J., Mourand, L, Rochard, E and Elie, P, 2003 ; Pombo, L., Elliott, M and Rebelo, J.E, 2005). Le travail initié en 2008 à partir des réponses « pression-impact » a fourni de bons résultats pour l'aspect « pollu tion » dans les estuaires et l'aspect « occupation des sols » dans les lagunes en établissant une relation entre le niveau de pression et l'état vu à travers la composante poissons. Les travaux menés dans le cadre de l'action 16 (Convention ONEMA/CEMAGREF 2009) ont permis de mettre en évidence des relations significatives avec un plus large panel de pression : pression de pollution pour les lagunes et pression sur l'habitat et le vivant pour les estuaires et les lagunes. Cependant, en ce qui concerne les pressions hydromorphologiques ou l'eutrophisation, ces relations pression-impact nécessitent d'être mieux définies. Les travaux sur ce sujet ont peu avancé cette année. Un état des lieux des actions actuellement débutées est fourni dans l'action 16 chapître 1 (Développement de l'indicateur « poisson » pour les eaux de transition). Enfin, une approche pour définir les états de référence à partir d'arbres de régressions multiples est proposée dans le chapitre 2 du même rapport (Analyses multivariées : travailler directement à l'échelle de l'assemblage de poissons). Les travaux présentés dans ce rapport se sont concentrés sur les milieux lagunaires mais les méthodes pourront servir de la même manière sur les estuaires. Une synthèse bibliographique concernant la définition des conditions du bon état physico- chimique (oxygène dissous, salinité et transparence) soutenant la biologie et en particulier l'ichthyofaune des écosystèmes de transition estuariens et lagunaires a fait l'objet d'un rapport rendu courant 2009 (Taverny, C., Élie, P and Boët, P, 2009).