La Directive Cadre Européenne sur l'eau (DCE) a pour objet de prévenir toute dégradation supplémentaire, de préserver et améliorer l'état des écosystèmes aquatiques. Pour cela, elle impose aux États membres le développement d'outils permettant de caractériser la qualité écologique des différentes masses d'eau. En l'absence d'informations et de connaissances sur les communautés ichtyologiques, dans la majorité des masses d'eau de transition (MET) françaises, le développement d'un indicateur issu de ce compartiment faunistique (imposé par la DCE pour les seules eaux de transition et continentales) s'avérait impossible. Afin de combler cette lacune et obtenir une première base de connaissances des communautés ichthyologiques, dans les MET françaises, des campagnes d'inventaire basées sur un protocole d'échantillonnage standardisé ont été réalisées en 2005, 2006 et 2007. Les informations ainsi obtenues ont permis l'élaboration d'un indicateur poisson pour les masses d'eau de transition dans le cadre d'un projet Liteau II (Girardin et al, 2009). Elles ont également servi à améliorer le protocole initial standardisé, développé pour l'échantillonnage du compartiment ichtyologique (Lepage and Girardin, 2005; Lobry et al., 2006), en particulier au niveau des techniques de pêche. Ce mode opératoire actualisé sera mis en pratique pour l'ensemble des contrôles de surveillance de l'ichtyofaune des milieux de transition dès 2009. Sur l'ensemble du territoire national, 97 MET, couvrant estuaires et lagunes sont actuellement listées dans le référentiel SANDRE. Des ajustements et mises à jour de ce dernier sont encore probables vu l'absence de certaine MET dans ce dernier, comme la Risle. Le contrôle de surveillance des MET, pour le compartiment « poisson » prévoit, sur la période 2009/2011, l'échantillonnage biannuel (campagne printanière puis automnale) de 23 estuaires sur les 4 districts hydrogéographiques de la façade Manche Atlantique et vraisemblablement de 6 lagunes et un estuaire, sur la façade méditerranéenne. La forte diversité hydro-morphologique et faunistique de cet ensemble de MET, dont les contrôles de surveillance seront assurés par de multiples opérateurs, justifie la mise en place d'une coordination nationale. Celle-ci aura donc pour rôle d'assurer le respect du protocole national DCE et de ses modes opératoires afin de limiter ainsi au maximum les divergences locales. Il est en effet très important de maîtriser ce paramètre lié à la variabilité d'application du protocole national, au vu de son rôle dans le calcul de l'indicateur poisson et partant de ses répercussions sur les limites de confiance obtenues. Cette mission de coordination nationale assurée par Vincent Bouju, encadré par Mario Lepage et Michel Girardin, a débuté le 1er juillet 2008. Après une phase de formation théorique (DCE, bases de données Cemagref et SEEE, taxonomie, etc.) et pratique (techniques de pêche et traitement des captures, organisation des campagnes, etc.) cette mission doit garantir le bon déroulement des contrôles de surveillance et la qualité des données qui en seront issues. Elle se concrétisera donc par les actions suivantes : Appui aux Agences de l'Eau : - pour la rédaction technique du cahier des charges des appels d'offre, en vue de choisir les opérateurs pour les contrôles de surveillance, ceci afin de garantir la conformité de ce cahier des charges avec le protocole national. ; - pour les réunions techniques avec les opérateurs avant et après les campagnes, ceci pour prévenir toute dérive d'appréciation/application du protocole d'échantillonnage et garantir la fiabilité et de la pertinence des données collectées. Appui logiste et technique aux différents prestataires (bureaux d'étude et autres) pour réduire au maximum la variabilité liée au protocole. Vérification/validation des données issues des contrôles de surveillance et archivage de celles-ci, dans la base POMET (Girardin et al, 2009).