Bien que la Directive cadre européenne sur l'eau nous donne quelques indications sur la façon d'évaluer l'état des masses d'eau et en particulier l'état écologique de celles-ci, les concepts qui y sont présentés laissent une large place à l'interprétation. Pour l'élément de qualité biologique Poisson dans les eaux de transition, la façon d'appréhender les références a été la modélisation statistique faute de site de référence disponible. En l'absence de base de données sur les peuplements de poisson dans les eaux de transition, des inventaires ont été lancés entre 2005 et 2007 sur 45 masses d'eau de transition (33 estuaires, 11 lagunes et le grand Rhône). Avec des protocoles spécifiques standardisés pour les estuaires et pour les lagunes. En parallèle, un indice de pression anthropique sur les masses d'eau de transition a été développé afin de réaliser un classement des masses d'eau et identifier celles qui subissent le moins de pression et celles qui en subissent le plus. Une recherche de relation pression-impact a été entreprise à partir de métriques candidates, par groupe de pression à l'aide de modèles linéaires généralisés. Après analyse de triplet « peuplement de poisson » X « caractéristiques physiques » X « pressions anthropiques », nous avons retenu les métriques pour lesquelles une relation pression-impact a été clairement identifiée (réponses statistiquement significative). Nous avons également mis en évidence l'inadéquation entre la typologie officielle et la structuration des communautés de poisson dans les eaux de transition. La méthode utilisée, bien que validée dans sa démarche, est encore en développement pour obtenir des références compatible DCE.