L'intensification de l'agriculture et de l'élevage a conduit, via la gestion des déjections animales, à des accumulations de nutriments dans les sols et des transferts de polluants vers les eaux de surface. De plus, le stockage et l'épandage de ces déjections engendrent diverses pollutions dont les émissions d'ammoniac et de gaz à effet de serre. Des filières de traitement ont été développées à partir des années 90 afin de répondre à la problématique des excédents d'azote puis de phosphore. La réduction des émissions gazeuses et l'abattement des micro-organismes pathogènes observés sur ces filières confirment que cette phase de traitement doit être vue comme une possibilité d'améliorer la gestion globale des déjections. Plus récemment, face à la prise en considération de nouveaux paramètres incluant notamment l'effet de serre et le problème énergétique, la méthanisation des déjections animales est de nouveau perçue comme une alternative incontournable. La rentabilité économique de cette technique nécessite toutefois l'ajout d'autres substrats organiques et une bonne valorisation de l'énergie produite. Enfin, les techniques de séparation/concentration des nutriments (N et P notamment) permettant leur transport/recyclage doivent également être considérées comme des alternatives intéressantes.