Pour caractériser la nature des substrats subaquatiques, il existe depuis plusieurs dizaines d'années des méthodes utilisant des moyens acoustiques. Ces méthodes possèdent l'avantage par rapport aux techniques de prélèvement in situ traditionnelles (bennes à sédiment, caméra,) d'obtenir une résolution spatiale très supérieure. Jusqu'à aujourd'hui ces approches nécessitaient du matériel spécialisé de traitement du signal. Ce document présente des travaux de classification des substrats lacustres utilisant un échosondeur mono-faisceau et un logiciel de post traitement (Sonar5-pro) des réponses acoustiques dédié aux estimations de populations de poissons. Ce logiciel vient en effet d'implémenter un module d'analyse de la nature des fonds lacustres basé sur la théorie développée par Orlowski (1984). Une configuration optimale du sondeur a été déterminée et a permis de différencier quatre natures différentes de substrat : limon, sable, sable + galets et blocs. Une cartographie d'une zone connue comme site de reproduction de l'omble chevalier (Salvelinus alpinus), salmonidé emblématique des grands lacs alpins a été réalisée et montre les performances de ce système sur la discrimination de la nature des substrats.