Tout d'abord une nouvelle typologie des communautés diatomiques de référence a été établie à l'aide d'un réseau de neurones non supervisé (carte auto-organisante). La correspondance entre ces communautés et les HER de niveau 1 a été étudiée, afin de donner une assise géographique à ces flores naturelles, et d'attribuer à chaque masse d'eau sa communauté de référence. 5 régions diatomiques ont ainsi été mises en évidence, régions très similaires à celles obtenues en 2005. Pour chacune de ces régions et donc pour chacune des différentes masses d'eau la composant, une note de référence ainsi que de nouvelles limites d'état écologique ont été calculées. Les notes seuils d'état écologique sont dérivées des EQR validés lors du second exercice d'intercalibration. La nouvelle grille indicielle a été fixée après expertise de ce scénario. Le diagnostic d'état écologique des masses d'eau bassin par bassin est proposé sur la base de cette grille, et comparé au diagnostic de 2009.