Le présent document présente les travaux d’avancement au développement d’un outil de bioindication des communautés d’invertébrés benthiques lacustres adapté aux lagunes oligohalines. Il s’inscrit dans une collaboration IFREMER-ONEMA-CEMAGREF. Actuellement, la plupart des indices couramment employés en lagunes mésohalines, euhalines et polyhalines ne sont pas applicables à ce type de système. Cette étude fait donc office de point d’entrée pour le développement d’un potentiel indice. La démarche scientifique pour évaluer les lagunes dessalées repose dans un premier temps sur l’adoption du protocole lagunaire développé par l’IFREMER en révisant certains paramètres, (i) la date de prélèvement et (ii) la taille de maille de tamis plus particulièrement. Au vue des premières analyses, la faune macrobenthique récoltée sur les 3 systèmes se compose majoritairement de taxons dulçaquicoles. Comme pour les protocoles en milieux d’eau douce, une période d’échantillonnage au début du printemps semble plus adaptée à ce type de faune et permet ainsi d’éviter la période d’émergence de certains taxons indicateurs (ex. Chironomidae). De plus, pendant la phase de tri en laboratoire, l’ajout d’un tamis de 500μm de maille en plus du 1mm permet de récolter des taxons indicateurs comme certaines espèces d’Oligochètes indicatrices de dégradation de milieu, ces taxons pouvant être intégrés dans le calcul de métriques pour le futur outil. Cependant, le faible jeu de données n’a pas permis d’analyser la réponse de métriques candidates aux pressions anthropogéniques. Une étape sera donc nécessaire à la constitution d’un jeu de données suffisamment important pour prendre en compte les gammes de variations de paramètres environnementaux et de pressions et ainsi construire l’outil de bioindication adapté aux lagunes dessalées.