Caractérisation des communautés de diatomées d'eau douce: comparaison des approches taxonomiques et de fingerprinting - INRAE - Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement Accéder directement au contenu
Communication Dans Un Congrès Année : 2012

Characterisation of freshwater diatom communities: comparing taxonomic and genetic-fingerprinting approaches

Caractérisation des communautés de diatomées d'eau douce: comparaison des approches taxonomiques et de fingerprinting

Résumé

Les assemblages de diatomées benthiques de cinq sites provenant de deux rivières (Ruiné, Charente, et Morcille, Beaujolais) ont été caractérisés à la fois par des moyens traditionnels d'observation microscopique et par empreintes génétiques (PCR-DGGE) avec des amorces spécifiques des diatomées. La structure des communautés, ainsi que la richesse et la diversité spécifiques, évaluées par les deux méthodes, ont été comparées. A partir des inventaires diatomiques issus de l'identification morphologique, différentes bases de données ont été constituées pour chaque niveau taxonomique (genre, espèce, variété). Pour chacune de ces listes, les données utilisées pour les analyses statistiques se sont basées sur les abondances relatives de chaque unité taxonomique : à partir de l'intégralité des inventaires, puis en considérant les taxons plus représentés à plus de 1% et 2% d'abondances relatives. Ces données ont ensuite été comparées aux résultats des analyses génétiques. Les arbres de classification basés sur la composition taxonomique et les profils DGGE sont très similaires, montrant une bonne correspondance de structure de la communauté entre les deux méthodes. Les régressions linéaires entre les indices (richesse, diversité) et les tests de Mantel appliqués aux matrices de dissimilarité générées pour chaque ensemble de données (composition de la communauté décrite par les bandes DGGE, et les inventaires floristiques aux différentes résolutions taxonomiques) indiquent que les corrélations les plus fiables avec les données génétiques sont obtenus au niveau générique, en considérant les abondances > 1%, ou spécifique, avec un minimum de représentation de 2% d'abondance relative. Les résultats révèlent que la méthode de PCR-DGGE utilisée ici peut offrir une alternative satisfaisante à l'observation microscopique, pour effectuer un examen préalable de différences marquées entre échantillons, en termes de structure globale des communautés de diatomées. Cependant, à ce stade, les analyses taxonomiques demeurent nécessaires pour détecter des changements plus subtils dans la richesse et la diversité spécifiques, en particulier pour ce qui est des espèces moyennement / peu abondantes dans les assemblages naturels.

Mots clés

Fichier non déposé

Dates et versions

hal-02597360 , version 1 (15-05-2020)

Identifiants

Citer

Soizic Morin, V. Roubeix, Isabelle Batisson, P. Winterton, Stéphane Pesce. Caractérisation des communautés de diatomées d'eau douce: comparaison des approches taxonomiques et de fingerprinting. 31ème colloque de l’Association des Diatomistes de Langue Française (ADLaF), Sep 2012, Le Mans, France. pp.1. ⟨hal-02597360⟩
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