Les macrophytes aquatiques sont considérés dans la Directive Cadre sur l’Eau (DCE) comme un des éléments de qualité biologique pertinents pour l’évaluation de la qualité écologique des plans d’eau. La première phase des travaux entrepris par l’équipe CARMA d’Irstea en 2007 pour développer en France un indice utilisant les macrophytes, fut de proposer un protocole standardisé d’échantillonnage en plans d’eau utilisable en routine à l’échelle du territoire métropolitain. Le jeu de données obtenu depuis a permis de tester des métriques candidates et de développer un Indice Biologique Macrophytique en Lac (IBML). Cet indice est applicable à tous les plans d’eau dont l’amplitude du marnage annuel est inférieure ou égale à 2 m. A ce jour, l’IBML est constitué d’une métrique, la Note de Trophie, rendant compte à la fois de l’abondance et de la composition des communautés de macrophytes. Cette métrique est un indicateur de niveau trophique des milieux, sensible à la dégradation générale de la qualité de l’eau et des milieux aquatiques (pollution organique, eutrophisation). En 2011, la métrique Note de Trophie a été retenue et validée au niveau national comme métrique d’évaluation de l’état écologique au sens de la DCE, et intercalibrée au niveau européen pour les lacs alpins. Une présentation de cet indice et des premiers résultats de son application sur une centaine de lacs sera effectuée. Des alternatives à l’évaluation du niveau trophique des plans d’eau par le développement de métriques dédiées à la caractérisation d’autres types de perturbations, notamment celles d’origine physique, seront également exposées.