L’étude présentée vise à décrire les communautés diatomiques des bassins de l’Agneby et de la Mé, dans l’optique d’une création d’indice biologique adapté au contexte de la Côte d'Ivoire. L’hydrosystème de la Côte d’Ivoire constitue un bien économique qui doit être correctement géré, compte tenu des multiples utilisations dont il fait l’objet. La préservation de ces écosystèmes aquatiques s’avère indispensable tant pour les communautés qui y vivent que pour les populations humaines riveraines qui utilisent ces eaux pour divers usages (baignade, boisson, pêche, lessive, vaisselle…). En Côte d’Ivoire, l’évaluation de la qualité des écosystèmes aquatiques est principalement basée sur l’analyse des paramètres physico-chimiques et des bio indicateurs tels que les insectes aquatiques (Williams et Smith, 1996 ; Clarke et al., 2002) et les poissons. Concernant les diatomées benthiques peu de travaux exploratoires ont été menés (Ouattara, 2001), si bien que ce maillon biologique demeure inexploité. A noter que de récents travaux se sont intéressés aux flores phytoplanctoniques (Adon, 2013). Ainsi, à l’instar de certains pays Africains comme l’Afrique du Sud, le Maroc, l’Algérie, l’utilisation des diatomées pour la caractérisation des eaux doit se développer en Côte d’Ivoire. Ce pays possède plusieurs grands fleuves (Cavally, Sassandra, Bandama, Comoé) et rivières (Agnéby, Me, Boubo, etc.), subissant de plus en plus des menaces en lien avec les exigences du développement (Gourène et al., 1999). L’étude présentée ici porte sur 96 relevés diatomiques effectués sur 20 stations situées sur les bassins de l'Agnéby et de la Mé. Sur chaque bassin 10 stations ont été visitées au cours de quatre campagnes d’échantillonnages (septembre 2011, décembre 2011, février 2012 et juillet 2012), une station parmi celles-ci ayant été visitée mensuellement d’août 2011 à juillet 2012. L'Agnéby et de la Mé serpentent sur un substrat géologique constitué de schistes et de granite, à travers un bassin versant forestier dégradé par les empiètements de cultures (bananes, cacao, café). Le régime hydrologique est lié à un climat équatorial fortement soumis au régime de la mousson. Au niveau physico-chimique, les eaux de l’Agnéby et de la Mé présentent une température élevée (22 à 28,5°C), et se caractérisent par des pH très acides à faiblement basiques (4,7 à 7,6) ainsi que des conductivités faibles à modérées (28 à 277 µS.cm-1). Les Concentrations maximales en nutriments classiques laissent présager des situations d’eutrophisation et/ou de pollution organique importantes ([NH4]max = 2,30 mg.l-1; [NO3]max = 42,6 mg.l-1, [PO43-]max = 2,5 mg.l-1). La turbidité est également souvent élevée (jusqu’à 66,2 NTU). Les premiers résultats floristiques disponibles présentent de nombreuses espèces, certaines cosmopolites, d’autres tropicales, dont plusieurs non encore déterminées à ce jour notamment deux Planothidium, deux Cocconeis et un Stauroneis (décrits sur le poster). Ces Planothidium et Cocconeis sont les espèces dominantes, associées au genre très abondant des Eunotia. Cocconeis sp1, d’allure proche du type scutellum, présente un nombre de stries par 10 µm compris entre 10 et 11 sur la valve sans raphé, et entre 19 et 20 sur la valve avec raphé. Il semble, d’après ses dessins et la diagnose associée, que Foged (1966) ait rencontré cette espèce au Ghana, sans toutefois lui attribuer de nom. Planothidium sp1 possède 10-11 stries en 10 µm sur la valve avec raphé, et présente un repli en fer à cheval sur la valve sans raphé. Sa comparaison avec les lames de référence de Carter (1982) concernant Achnanthidium miotum, ainsi que de nombreux clichés pris au microscope électronique à balayage, ont abouti à considérer ce Planothidium comme une espèce nouvelle. Planothidium sp2, proche de Planothidium rostratum, présente une forme rostrée, environ 11 stries par 10 µm sur la valve avec raphé ainsi qu’un repli en fer à cheval sur la valve sans raphé. Au microscope électronique à balayage, cette espèce se distingue de Planothidium rostratum par la présence de rangées de 5 aréoles par stries sur la valve avec raphé. Enfin sur l’ensemble des stations échantillonnées, une se distingue par la forte abondance de Bacillaria paxillifera pendant la saison sèche (janvier-avril). La présence de cette espèce, typique d’eaux saumâtres, est étonnante à cette station située à 20 km de la lagune Ebrié et hors de la zone d’influence des marées (5°29'33.1"N 3°57'14.4"O). Ce phénomène pourrait s’expliquer par la forte pression anthropique exercée par les cultures intensives à cet endroit. Cette étude constituera un travail préliminaire à la création d’un indice diatomique adapté au contexte tropical de la Côte d’Ivoire.