Etudier les distributions passées des plantes et des animaux est devenu un objet de recherche important durant les dernières décades, et ce, à la fois pour les milieux terrestres et aquatiques. En parallèle avec l’apparition des mouvements de protection de l’environnement dans les années soixante-dix, les recherches des écologues ont en effet mis en évidence une dégradation continue de ces écosystèmes et plus particulièrement de la biodiversité1 qu’ils abritent. En conséquence, les gestionnaires des milieux aquatiques ont focalisé leurs efforts sur la conservation des espèces, de leurs habitats ou sur la restauration des écosystèmes dans leur ensemble. L’objectif habituellement retenu dans ce cas est en général ce que les auteurs qualifient d’« état naturel », soit les conditions environnementales prévalant en l’absence ou quasi-absence de modifications d’origine anthropique. Très souvent, cet état est assimilé à l’état historique des hydrosystèmes avant la révolution industrielle et/ou l’établissement de l’agriculture intensive (fin du XVIIIe s. ou début XIXe s.). Cette idée d’« état naturel » ou de conditions de référence a été intégrée récemment dans l’une des législations européennes les plus importantes pour les milieux aquatiques : la Directive Cadre sur l’Eau.