La Directive 2000/60/CE (DCE), qui vise à l'atteinte ou au maintien du Bon Etat Ecologique des masses d'eau européennes au terme de 2015, doit être appliquée dans les DOM français comme pour la France métropolitaine. Cependant, son entrée en vigueur a nécessité un délai inévitable de mise au point méthodologique de nouveaux outils biologiques adaptés au contexte local, les indices biologiques métropolitains (exemple des indices diatomiques IPS et IBD) ayant un décalage biogéographique très conséquent par rapport aux spécificités climatiques et floristiques qu’on y rencontre et n’étant donc pas utilisables localement. Dans ce contexte, un programme de recherche trisannuel a été mis en place successivement en Martinique puis en Guadeloupe de 2009 à 2012, visant : 1) à l'acquisition de la connaissance taxonomique et hydro-écologique nouvelle concernant les espèces et assemblages diatomiques de cette zone, dont l'information utile pour la surveillance sera reprise dans un guide taxonomique et 2) à la genèse d'un indice diatomique adapté au contexte Antillais et permettant l'évaluation judicieuse de l'Etat Ecologique. Des données complémentaires acquises les 2 années suivant l’achèvement de ce programme (2012 et 2013) ont permis de combler des déficits de connaissance encore diagnostiqués à la fin du programme initial et d’améliorer la première version d’indice produite (l’IDA-1). Au total, 607 relevés couplant descripteurs environnementaux abiotiques et assemblages diatomiques, acquis lors de campagnes saisonnières sur 130 sites de terrain différents de Martinique et de Guadeloupe, ont été pleinement exploitables. 512 taxons en tout y ont été recensés et comptés au final (pour 470 en fin du programme initial). Beaucoup d’entre eux étant trop rares pour qu’on puisse leur affecter une écologie robuste, un double seuillage sur l’occurrence et l’abondance relative minimale dans au moins un relevé a permis de calculer un profil écologique à 186 taxons. 12 d’entre eux étant typiquement halophiles (influences halines littorales à l’aval de certains cours d’eau), 178 taxons participent effectivement au calcul de la nouvelle version d’indice (IDA-2), dont 47 taxons d’alerte répartis en 2 catégories selon l’intensité de leur message d’altération. L’IDA-2 a résolu beaucoup de problèmes de jeunesse liés à la première version et donne satisfaction. Sur la base de ses notes, il a été possible de définir les niveaux de référence dans 2 grands ensembles naturels (Zone « Plaine » correspondant aux hydrochimies très minéralisées de la zone des Mornes et de la Plaine du Lamentin de Martinique, Zone « Volcan » correspondant au massif volcanique Nord-Martinique et à toute la Basse-Terre de Guadeloupe). 2 grilles d’évaluation bâties selon un principe d’EQRs ont pu être finalement proposées, permettant d’évaluer l’état diatomique associé à chaque relevé individuel de chaque campagne d’échantillonnage. Des documents facilitant la mise en ½uvre de l’indice (guide taxonomique pour l’utilisateur, guide méthodologique) ont été livrés en fin de programme pour accompagner et faciliter le transfert opérationnel de cette nouveelle version de l’Indice Diatomique Antilles (IDA-2).