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Communication dans un congrès

Metabarcoding in biodiversity monitoring - a case study on French saproxylic beetles

Résumé : Les Coléoptères sont des indicateurs pertinents en écologie forestière appliquée, mais leur identification spécifique requiert une expertise taxonomique forte et rare. Nous testons ici une méthode alternative d’identification moléculaire des espèces par leurs codes-barres ADN. En collaboration avec des experts taxonomistes, nous avons construit une bibliothèque de codes-barres ADN pour 410 espèces françaises, complémentaire des bibliothèques bavaroise et finlandaise disponibles dans la base de données www.boldsystems.org. Le taux de succès satisfaisant du séquençage pour une diversité de familles et l’analyse des divergences intra- et interspécifiques ont démontré la pertinence du marqueur choisi, y compris pour des espèces proches. Plusieurs questions taxonomiques intéressantes ont été soulevées par nos résultats, et soulignent les perspectives des codes-barres ADN dans la taxonomie intégrative des Coléoptères. Dans un second temps, grâce aux nouvelles technologies de séquençage (NGS), nous avons appliqué le « metabarcoding » pour analyser des échantillons multispécifiques résultant de pièges standards. Au total, 35 échantillons représentant différents types de piégeage, de préservation des échantillons, de substrat séquencé (spécimens broyés vs. alcool de stockage) ont été livrés à une identification morphologique traditionnelle, puis reconditionnés et traités par NGS. Le taux de détection des espèces par NGS s’est révélé beaucoup plus fort et moins variable avec l’ADN du broyat qu’avec l’alcool de stockage. L’identification moléculaire des espèces dans un échantillon complexe s’est avérée performante en dépit de conditions de préservation de l’ADN non optimisées. Elle a également offert une plus-value, puisque la moitié des taxons supra-spécifiques que les taxonomistes ne pouvaient pas identifier morphologiquement ont été identifiés formellement à l’espèce par NGS. L’analyse NGS a également fourni des espèces additionnelles dont l’origine est discutée. A partir de ces résultats encourageants, l’optimisation du protocole d’échantillonnage, du conditionnement des échantillons et des méthodes d’analyse est en cours pour développer l’usage des insectes forestiers comme indicateurs écologiques.
Type de document :
Communication dans un congrès
Liste complète des métadonnées

https://hal.inrae.fr/hal-02603623
Déposant : Migration Irstea Publications <>
Soumis le : samedi 16 mai 2020 - 08:58:49
Dernière modification le : dimanche 25 octobre 2020 - 07:04:17

Identifiants

  • HAL Id : hal-02603623, version 1
  • IRSTEA : PUB00048557

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Citation

Christophe Bouget, S. Shokrala, M. Hajibabaei, Rodolphe Rougerie, Carlos Lopez Vaamonde. Metabarcoding in biodiversity monitoring - a case study on French saproxylic beetles. 18e Colloque Biologie de l'Insecte, Jun 2016, Tours, France. pp.27. ⟨hal-02603623⟩

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