Avant 2000, la réglementation européenne a longtemps traité de l’eau et des espèces halieutiques comme des ressources sans tenir compte des interdépendances entre espèces et milieux. La directive cadre européenne sur l’eau (DCE 2000) a été perçue par de nombreux acteurs comme un instrument permettant de mieux prendre en compte les écosystèmes dans la gouvernance de l’eau en élargissant la participation des parties prenantes par rapport à la réglementation antérieure. C’est également en ces termes qu’est présentée la directive cadre stratégie pour le milieu marin (DCSMM 2008) par rapport à la DCE. On observe que les acteurs redéfinissent souvent ce qu’est une « véritable » approche écosystémique et la diversité des connaissances qu’elle requiert. Est-ce que la mise en ½uvre de ces directives ouvre effectivement la décision à de nouveaux acteurs et de nouveaux savoirs ? Quelle est la portée de cette participation et comment la saisir ? Est-ce que les insuffisances de la DCE ont été prises en compte dans la DCSMM et satisfont les acteurs qui attendent une « véritable » approche écosystémique ? Le projet ECOGOV (LabEx COTE, Université de Bordeaux) propose un nouveau cadre conceptuel interdisciplinaire (les 4 A) pour qualifier les différentes formes de participation en fonction des connaissances prises en compte dans les processus de gouvernance des écosystèmes. Ce cadre conceptuel identifie quatre dynamiques de médiation entre connaissances et décisions : (1) l’Acquisition des connaissances et ressources politiques, (2) leur Agrégation, (3) leur usage dans l’Argumentation de la décision et (4) leur Accumulation. Pour cela nous nous sommes appuyés sur une revue de la littérature en science politique et en écologie sur : (a) les relations entre chercheurs, amateurs, utilisateurs, acteurs impliqués et décideurs ; (b) ’approche écosystémique et la participation; (c) les défis scientifiques et politiques du changement climatique.