Dans le cadre de la mise en oe½uvre d’une Stratégie d’observation à Long terme de l’estuaire de la Seine, l’objectif de ce travail est de proposer des éléments concrets pour la mise en place d’un protocole minimal de suivi de l’ichtyofaune dans l’estuaire de la Seine. Cette stratégie d’observation doit autant que possible permettre une approche fonctionnelle de la biodiversité et reposer sur les démarches existantes. il n’existe évidemment pas un protocole « miracle » unique et indiscutable permettant de considérer l’ensemble de l’ichtyofaune, tenant compte à la fois des aspects fonctionnels, de la dimension de l’habitat, de l’ensemble des échelles spatiales et temporelles de structuration du peuplement et qui soit à la fois facilement mis en oe½uvre, aisément reproductible, comparable aux démarches existantes sur d’autres milieux et d’autres estuaires... c’est donc une véritable stratégie d’échantillonnage combinant éventuellement plusieurs types de protocoles qu’il convient de considérer qui, pour être ef cace, doit être bâtie autour d’un socle fondamental. A l’issue du séminaire « Stratégie à Long terme en Milieu estuarien » qui s’est tenu à rouen les 21 et 22 octobre 2009, il a été proposé de capitaliser sur la mise en place à l’échelle nationale de la stratégie de suivi développée dans le cadre de la dce. Ce document présente les propositions des auteurs en termes de mise en place d’une stratégie de suivi à long terme de l’ichtyofaune dans l’estuaire de la Seine. Les données sur l’estuaire de l’ichtyofaune de l’estuaire de la Seine et plusieurs autres sont issues du fascicule Seine-aval 2.5 « Poissons, habitats et ressources halieutiques : Cas de l’estuaire de la Seine » (Morin et al., 2010) auquel nous conseillons au lecteur intéressé de se reporter pour une vision plus complète.