La méthode des micro-habitats est une méthode de caractérisation de l’état écologique des cours d’eau qui a largement été utilisée depuis le début des années 80. Cette méthodologie composée d’un modèle hydraulique et d’un modèle biologique a fait l'objet de développements logiciels qui ont été largement utilisés. Une nouvelle génération de modèles s'avère nécessaire compte tenu de l'obsolescence de la première génération d'outils. Des modèles hydrauliques plus complets offrent la possibilité d'une meilleure description de l’habitat selon l’échelle de l’analyse. Afin d’intégrer les capacités des modèles existants, tant numériques que statistiques, il semble intéressant de développer une interface capable de gérer les différentes entrées hydrauliques et biologiques pour fournir une évaluation de l’habitat potentiel plus réaliste.