La Directive Cadre Européenne sur l'Eau (DCE) exige la mise en oeuvre de suivis hydrobiologiques au sein des réseaux de surveillance afin d'évaluer l'état écologique des masses d'eau. Ceci a entraîné le développement et/ou l'adaptation de méthodes de bio-indication, devant faire preuve d'un niveau de confiance et de précision suffisants. Dans le but d'évaluer ce niveau de confiance et précision, un programme national a été lancé à partir de 2013 permettant de travailler sur les sources de variabilités et d'incertitudes liées à l'application des méthodes d'évaluation d'état écologique, notamment pour le protocole « Diatomées en cours d'eau ». Une première approche a consisté en la quantification de l'incertitude liée à l'effet inter-opérateurs dans le cadre de l'application de l'Indice Biologique Diatomée (IBD2007). Celle-ci s'est appuyée sur la réalisation de 2 campagnes annuelles de prélèvements, qui ont eu lieu en 2013 et 2014 avec la participation active de 3 types d'opérateurs : les DREAL, les bureaux d'études ainsi qu'Irstea. Au cours de ces campagnes de terrain, une soixantaine de stations ont été prospectées en respectant un créneau temporel le plus proche possible entre les 3 opérateurs. Cette première phase a permis d'étudier l'impact de la variabilité due à l'opérateur, sur les données issues de relevés diatomiques, intégrant de façon globale les différentes étapes du processus d'obtention de ces données : le relevé de terrain, le travail en laboratoire de préparation et de détermination de l'échantillon, l'obtention de la liste taxinomique, le calcul de l'indicateur et l'attribution d'une classe d'état écologique. Les analyses effectuées pour ce volet ont permis de mettre en avant une première approche de la notion de variabilité inter-opérateur des notes d'IBD2007. Les listes taxonomiques obtenues par les opérateurs s'avèrent relativement différentes, avec seulement un tiers de taxons communs. Cependant cette dissimilarité taxonomique n'est pas systématiquement en rapport avec des écarts importants de note d'indice, et n'engendre pas forcément de changement de classe d'état écologique. Un deuxième volet a concerné l'étude de la variabilité interannuelle de la méthode IBD2007, attribuable à la variabilité naturelle du milieu et des flores. Ce travail a été réalisé en s'appuyant sur les données historiques d'inventaires diatomiques stockées dans la base de données PANDORE, dont la plupart ont été collectées dans le cadre des campagnes annuelles de surveillance. Les notes d'indices ont été comparées sur une chronique de valeurs obtenues sur des sites dont l'état physico-chimique était considéré comme stable. Les résultats obtenus suite à l'étude de ces deux types de variabilité, inter-opérateurs et interannuelle, sont au final assez comparables et la variabilité interannuelle telle que calculée ici peut alors être considérée comme une approximation a maxima de l'incertitude liée à la note d'IBD2007 puisqu'elle combine variabilité temporelle du milieu et des flores, et effet inter-opérateurs. Enfin les analyses de la dernière étape du programme ont permis d'établir un modèle de probabilité de classement à inclure dans les règles d'évaluation. Celui-ci a intégré l'impact de la propagation de l'incertitude depuis la note obtenue jusqu'à l'attribution finale de la classe d'état écologique. Les résultats de cette étude permettent ainsi de cadrer statistiquement la robustesse globale de l'évaluation de l'état écologique obtenue à partir des notes d'IBD2007.