T. Andersen, J. Carstensen, E. Hernandez-garcia, and C. M. Duarte, « Ecological thresholds and regime shifts: approaches to identification », Trends in Ecology & Evolution, vol.24, issue.1, pp.49-57, 2009.

J. Avias, « Overthrust structure of the main ultrabasic new caledonian massives, Tectonophysics, vol.4, issue.4, pp.531-572, 1967.

M. E. Baker, S. Et-ryan, and . King, « A new method for detecting and interpreting biodiversity and ecological community thresholds, Methods in Ecology and Evolution, vol.1, issue.1, pp.25-37, 2010.

E. Biotop and . Asconit, « Définition des hydro-écorégions dans le cadre des conseils de l'eau -Rapport d'état d'avancement : Phases 1 et 2 », 2011.

J. Blondel and R. Ferris, Biogéographie: approche écologique et évolutive, 1995.

P. Bourrelly, « Algues d'eau douce de la Nouvelle Calédonie recueillies par la mission F. Starmühler en 1965 (Diatomées exclues) ». Revue d'hydrobiologie tropicale, II. Chlorophycées (Desmidiées) and Charophycées, vol.17, pp.101-115, 1984.

B. Brou, Richesses minières en Nouvelle-Calédonie, 1980.

M. Cáceres, . De, P. Et, and . Legendre, Associations between species and groups of sites: indices and statistical inference, vol.90, pp.3566-3574, 2009.

N. Carter, « Freshwater Algae », Journal of the Linnean Society of London, vol.46, issue.305, pp.47-68, 1922.

J. Chazeau, Research on New Caledonian terrestrial fauna: achievements and prospects ». Biodiversity letters, pp.123-129, 1993.

D. Cluzel, P. Maurizot, J. Collot, B. Et, and . Sevin, « An Outline of the Geology of New Caledonia; from Permian -Mesozoic Southeast Gondwanaland Active Margin to Cenozoic Obduction and Supergene Evolution, Episodes, vol.35, issue.1, pp.72-86, 2012.

M. Coste, « Etude des méthodes biologiques d'appréciation quantitative de la qualité des eaux, 1982.

M. Coste, S. Boutry, J. Tison, and F. Delmas, « Présentation de l'IBD 2006, de ses performances comparées avec l'IBD normalisé AFNOR 2000 et avec l'IPS, perspectives, 2007.

M. Coste and S. Boutry, et François Delmas. 2008. « Improvements of the Biological Diatom Index (BDI): Description and efficiency of the new version (BDI-2006), vol.9, pp.621-50

M. Coste, M. Ricard, N. Et, and . Mary, « Biodiversity and distribution of freshwater diatoms in some New Caledonian rivers, Oral Comm, 1998.

D. Dce, . Cadre, and . Eau, Directive, vol.60, 2000.

G. De'ath, « Multivariate regression trees: a new technique for modeling species-environment relationships, Ecology, vol.83, issue.4, pp.1105-1117, 2002.

M. Dufrene and P. Legendre, « Species assemblages and indicator species: the need for a flexible asymmetrical approach », Ecological monographs, vol.67, issue.3, pp.345-366, 1997.

M. Espeland and J. Murienne, « Diversity dynamics in New Caledonia: towards the end of the museum model?, BMC Evolutionary Biology, vol.11, issue.1, p.1, 2011.

C. Flouhr and N. Mary, Suivi comparatif de la qualité de certains cours d'eau dans le périmetre d'influence du projet minier et industriel de Vale Nouvelle-Calédonie -Phase 1 : rapport de terrain et résultats d'analyses 2011-2013 | Oeil, 2013.

G. Gassiole, Mineral Commodity Summaries 2016. Government Printing Office, pp.taxinomie-écologie, 2014.

M. T. Ghiselin, « A radical solution to the species problem, Systematic Biology, vol.23, issue.4, pp.536-544, 1974.

N. D. Gillett, Y. Pan, K. M. Manoylov, R. Stancheva, C. L. Et et al., The potential indicator value of rare taxa richness in diatom-based stream bioassessment, Journal of phycology, vol.47, issue.3, pp.471-482, 2011.

P. Grandcolas, J. Murienne, T. Robillard, L. Desutter-grandcolas, H. Jourdan et al., « New Caledonia: a very old Darwinian island?, Philosophical Transactions of the Royal Society of, vol.363, pp.3309-3317, 1508.

J. Gueguen, A. Eulin, E. Lefrançois, S. Boutry, J. Rosebery et al., « Mise au point d'un indice de bioindication de la qualité de l'eau des cours d'eau antillais à partir des diatomées: l'IDA, 2013.

C. Habault, « La valorisation de la ressource minerale en NC ». Séminaire présenté à Développement durable -Environnement, énergie et société, 2014.

A. S. Harold, R. D. Et, and . Mooi, « Areas of Endemism: Definition and Recognition Criteria », Systematic Biology, vol.43, issue.2, pp.261-66, 1994.

«. Isee--recensement, Consulté le mai 16, 2017.

T. Jaffré, Etude comparative des formations végétales et des flores des roches ultramafiques de Nouvelle-Calédonie et d'autres régions tropicales du monde ». In , édité par Jean-Louis Guillaumet, M. Belin, et H. Puig, pp.137-176, 1996.

T. Jaffré, P. Morat, J. Veillon, and H. S. Mackee, Changements dans la végétation de la Nouvelle-Calédonie au cours du Tertiaire: la végétation et la flore des roches ultrabasiques, vol.4, pp.365-391, 1987.

T. Jaffré, F. Rigault, G. Dagostini, J. Tinel-fambart, A. Wulff et al., « Input of the different vegetation units to the richness and endemicity of the New Caledonian flora, Flora, vol.162, issue.89, pp.54-63, 2009.

J. Jeanpert, « Hydrogéologie des massifs de péridotites de Nouvelle-Calédonie. Bilan des connaissances et hypothèses de travail, p.49, 2010.

P. Jolivet, K. Krishna, and . Verma, « Good morning Gondwana, vol.46, pp.53-61, 2010.

R. S. King, E. Matthew, D. F. Baker, D. E. Whigham, T. E. Weller et al., « Spatial considerations for linking watershed land cover to ecological indicators in streams, Ecological applications, vol.15, issue.1, pp.137-153, 2005.

R. S. King, C. J. Et, and . Richardson, « Integrating bioassessment and ecological risk assessment: an approach to developing numerical water-quality criteria, Environmental management, vol.31, issue.6, pp.795-809, 2003.

F. Larras, R. Coulaud, E. Gautreau, E. Billoir, and J. Rosebery, Assessing anthropogenic pressures on streams: A random forest approach based on benthic diatom communities, Science of the Total Environment, vol.586, pp.101-111, 2017.
URL : https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01917251

L. Cohu, J. René, . Marquié, and . Et-loïc-tudesque, Three new species of Delicata (Bacillariophyceae -Cymbellales) from New Caledonia and further observations on Delicata nepouiana Krammer and D. neocaledonica Krammer, 2017.

C. Lecointe, M. Coste, and J. Prygiel, « "Omnidia": software for taxonomy, calculation of diatom indices and inventories management, Hydrobiologia, vol.269, issue.1, pp.509-513, 1993.

P. Legendre and E. D. Gallagher, « Ecologically meaningful transformations for ordination of species data, Oecologia, vol.129, issue.2, pp.271-280, 2001.

A. Lenoir, M. Et, and . Coste, « Development of a practical diatom index of overall water quality applicable to the French National Water Board Network, Use of Algae for Monitoring Rivers, pp.29-45, 1996.

. L'huillier, T. Laurent, A. Jaffré, M. Wulff, L. Lebrun et al., Mines et Environnement en, 2010.

P. P. Lowry, « Diversity, endemism, and extinction in the flora of New Caledonia: a review, Proc Int Symp on Rare, Threatened, and Endangered Floras of Asia and the Pacific, pp.181-206, 1998.

R. Maillard, « Contribution à la connaissance des diatomées d'eau douce de la, vol.12, pp.143-72, 1978.

É. Manguin, « Contribution à la connaissance de la flore diatomique de la Nouvelle-Calédonie », Mém. Muséum Nation, Hist. Nat., Nouv. sér. série B, issue.12, pp.1-40, 1962.

G. Marquet, P. Keith, E. Et, and . Vigneux, Atlas des poissons et des crustacés (décapodes) d'eau douce de Nouvelle-Calédonie, Muséum National d'Histoire Naturelle, vol.58, 2003.

J. Marquié and R. L. Cohu, et Michel Coste. s. d. « Two new species of Adlafia (Bacillariophyceae) from New Caledonia: Adlafia moseri sp. nov. and Adlafia tjibaoui sp. nov., and further observations on Kobayasiella saxicola (Manguin) Lange-Bertalot, 2018.

N. Mary, « Caractérisations physico-chimique et biologique des cours d'eau de la Nouvelle-Calédonie, Proposition d'un indice biotique fondé sur l'étude des macroinvertébrés benthiques, 1999.

, « Indice biotique de Nouvelle-Calédonie (IBNC) et Indice biosédimentaire (IBS) -Guide méthodologique et technique | Oeil, 2016.

. Mccune, J. B. Bruce, D. L. Grace, and . Urban, MjM software design Gleneden Beach, vol.28, 2002.

M. S. Mcglone, « Goodbye Gondwana », Journal of Biogeography, vol.32, issue.5, pp.739-740, 2005.

P. Morat, « Our knowledge of the flora of New Caledonia: endemism and diversity in relation to vegetation types and substrates, Biodiversity letters, pp.72-81, 1993.

P. Morat, F. Tanguy-jaffré, J. Tronchet, Y. Munzinger, J. Pillon et al., Le référentiel taxonomique Florical et les caractéristiques de la flore vasculaire indigène de la, vol.34, pp.179-221, 2012.

P. Morat, T. Jaffré, and J. Veillon, « The flora of New Caledonia's calcareous substrates, Adansonia, vol.23, issue.1, pp.109-127, 2001.

G. Moser, Die diatomeenflora von Neukaledonien, Bibliotheca Diatomologica, vol.43, 1999.

G. Moser, H. Lange-bertalot, and É. Et-ditmar-metzeltin, Bibliotheca Diatomologica, vol.38, 1998.

G. Moser, A. Steindorf, and H. Lange-bertalot, Neukaledonien: Diatomeenflora einer Tropeninsel. Revision der Collection Maillard und Untersuchung neuen Materials, Bibliotheca Diatomologica, vol.32, 1995.

. Myers, R. A. Norman, C. G. Mittermeier, G. Mittermeier, . Fonseca et al., « Biodiversity hotspots for conservation priorities », Nature, vol.403, issue.6772, pp.853-858, 2000.

L. C. Oudin and D. Maupas, « Système d'évaluation de la qualité de l, 2003.

B. Pelletier, Geology of the New Caledonia region and its implications for the study of the New Caledonian biodiversity ». Compendium of marines species from New Caledonia, Dossiers Scientifiques et Techniques, vol.7, pp.19-32, 2007.
URL : https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00497949

M. Picard, L'archipel néo-calédonien: 300 millions d'années pour assembler les pièces d'un puzzle géologique, 1999.

Y. Pillon, J. Munzinger, H. Amir, and . Et-michel-lebrun, « Ultramafic soils and species sorting in the flora of New Caledonia », Journal of Ecology, vol.98, issue.5, pp.1108-1116, 2010.

P. Podwojewski, « Les vertisols de Nouvelle-Calédonie ». Les Cahiers de l'Orstom, pp.279-301, 1988.

J. Prygiel, M. Et, and . Coste, « Guide méthodologique pour la mise en oeuvre de l'Indice Biologique Diatomées, 2000.

S. S. Qian, S. Ryan, C. J. King, and . Richardson, « Two statistical methods for the detection of environmental thresholds », Ecological Modelling, vol.166, issue.1, pp.87-97, 2003.

S. Raous, Richer de Forges, Bertrand. 2007. « Risques d'extinction d'espèces en Nouvelle-Calédonie, Dynamique du nickel et d'autres éléments en traces métalliques (Co, Cr, Cu et Mn) dans des matériaux miniers ultramafiques ». Vandoeuvre-les-Nancy, INPL, 2011.

B. Robineau, L. Berthault, P. Et, and . Christmann, , pp.50-57, 2011.

B. Sevin, « Cartographie du régolithe sur massifs ultrabasiques de Nouvelle-Calédonie: distribution dans l'espace et le temps des gisements nickelifères, 2014.

L. Söderström, « Regional distribution patterns of bryophyte species on spruce logs in northern Sweden, pp.349-355, 1989.

F. Starmühlner, « Etudes hydrobiologiques en Nouvelle-Calédonie (mission 1965 du Premier Institut de Zoologie de l'Université de Vienne) : 1. Généralités et description des stations, Cahiers ORSTOM.Série Hydrobiologie, vol.2, issue.1, pp.3-33, 1968.

R. Team and . Core, R: A language and environment for statistical computing. R Foundation for Statistical Computing, 2013.

J. Trescases, « Géochimie des altérations et des eaux de surface dans le massif ultrabasique du Sud de la Nouvelle-Calédonie ». Bulletin du Service de la Carte Géologique d, Alsace Lorraine, vol.22, issue.4, pp.329-54, 1969.

R. Trobajo, L. Rovira, L. Ector, C. E. Wetzel, M. Kelly et al., « Morphology and identity of some ecologically important small Nitzschia species, Diatom research, vol.28, issue.1, pp.37-59, 2013.

. Tron, M. François, R. Franquet, T. H. Larsen, and É. Et-cassan, Evaluation rapide de la biodiversité du massif du Panié et des Roches de la Ouaième, province Nord, Conservation International, vol.65, 2013.

P. Tyler and . Alfred, « Endemism in freshwater algae, Biogeography of freshwater algae, pp.127-135, 1996.

. Van-dam, A. Herman, . Mertens, J. Et, and . Sinkeldam, « A coded checklist and ecological indicator values of freshwater diatoms from the Netherlands », Aquatic Ecology, vol.28, issue.1, pp.117-133, 1994.

W. Jr and H. Joe, « Hierarchical grouping to optimize an objective function, Journal of the American statistical association, vol.58, issue.301, pp.236-244, 1963.

J. Wasson, A. Chandesris, H. Pella, L. Et, and . Blanc, « Typology and reference conditions for surface water bodies in France: the hydro-ecoregion approach, vol.566, pp.37-41, 2002.

T. Watanabe, K. Et, and . Asai, « Diatom assemblage occurring in streams and springs near Numea, the capital of New Caledonia, vol.24, pp.63-72, 2008.

G. Weninger, « Beiträge zum Chemismus der Gewässer von Neukaledonien (SW-Pazifik), Cah. ORSTOM Ser. Hydrobiol, vol.2, pp.35-55, 1968.

. Yeo, R. A. In-kwon, and . Johnson, « A new family of power transformations to improve normality or symmetry, pp.954-959, 2000.

M. Zelinka, P. Et, and . Marvan, « Zur prazisierung der biologischen klassification der Reinheit fliessender Gewasser, Arch. Hydrobiol, vol.57, pp.389-407, 1961.

L. Nouvelle-calédonie, est constituée de milieux naturels très spécifiques dont les cortèges biologiques présentent un fort taux d'endémisme, ce qui leur confère une forte valeur patrimoniale au niveau mondial. Les pressions anthropiques locales (urbanisation, activités minières d'exploitation du nickel, activités agricoles, implantation de tribus?) entraînent des risques d'altération des environnements concernés. Du fait de son statut de collectivité sui generis, la DCE ne s'applique pas en Nouvelle-Calédonie. Cependant, des Délibérations de la Province Nord et de la Province Sud ont mis en place des dispositifs particuliers de surveillance et de protection des milieux naturels, qui nécessitent la mise en oeuvre d, archipel tropical d'Océanie situé en plein Océan Pacifique à près de 17 000 km de la France métropolitaine

C. Dans, . Nickel, and . Environnement, Suite à un important travail taxinomique portant sur des flores encore méconnues au niveau mondial, 466 espèces différentes de diatomées ont pu être répertoriées, parmi lesquels 217 taxons d'eau douce contribuent effectivement au calcul de l'IDNC. La partie bio-statistique du programme a tout d'abord inclus la réalisation d'analyses exploratoires de données abiotiques (description des données et des gradients couverts par le jeu de données d'étude) et biotypologiques (communautés diatomiques-types associées à des conditions environnementales spécifiques). Puis l'outil TITAN a été mobilisé pour sélectionner des taxons d'alerte vis-à-vis de 7 descripteurs d'anthropisation, dont 4 représentatifs d'un enrichissement par les nutriments (DBO5, NH4, PO4, NO3) et 3 plus typiques d'altérations minières (Nickel et chrome dissous, colmatage latéritique). Les notes de chaque métrique individuelle ont été re-normées en EQR (échelle variant entre 0 et 1) afin de prendre en compte le niveau de référence adéquat pour la zone naturelle considérée (trame HER « adaptée »). L'IDNC, indice diatomique résolument multimétrique, utilise l'agrégation de ces 7 métriques en 2 métriques intégratrices, ont mis en place un programme de recherche-développement visant à la mise au point et au transfert d'un nouvel indice diatomique adapté à l'évaluation d'état écologique des cours d'eau de la

, Au final, L'IDNC est un outil à la fois innovant et opérationnel : outre le décryptage taxonomique de flores néo-calédoniennes antérieurement méconnues au niveau mondial, ainsi que de leur auto-écologie, c'est à notre connaissance le 1 er indice diatomique mondial, construit sur une base multimétrique, qui utilise la composition spécifique détaillée des communautés pour évaluer un état écologique intégré basé sur la prise en compte d'altérations trophiques, physiques et toxiques. En outre, le présent programme a largement pris en compte l'accompagnement du transfert méthodologique de cette nouvelle méthode, avec l'élaboration d'un guide méthodologique IDNC, d'un atlas taxinomique de Nouvelle-Calédonie intégrant la chorologie et l'autoécologie des taxons, auxquels il faut rajouter l'organisation prochaine d'une session de formation sur place visant à compléter le transfert de cette nouvelle méthode aux bureaux d'étude, gestionnaires et décideurs locaux intéressés. Il restera ultérieurement à développer un applicatif de calcul indiciel, L'élaboration d'un nouvel indice hydrobiologique dans une zone biogéographique si particulière, aux cortèges biologiques peu décrits et aux enjeux économiques et sociétaux bien spécifiques (notamment l'activité minière du nickel), était un chantier présentant quelques risques initiaux sur le plan de sa faisabilité