Protéomique ciblée pour la quantification multiplexée de biomarqueurs protéiques chez le crustacé Gammarus fossarum : perspectives pour la surveillance environnementale - Archive ouverte HAL Access content directly
Conference Papers Year : 2017

Protéomique ciblée pour la quantification multiplexée de biomarqueurs protéiques chez le crustacé Gammarus fossarum : perspectives pour la surveillance environnementale

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Abstract

Le développement de biomarqueurs moléculaires chez les invertébrés aquatiques d'intérêt en écotoxicologie n'a connu que peu d'avancées ces dernières années. Parmi les principaux verrous, on peut citer l'absence de méthodes spécifiques et directes pour la quantification des biomarqueurs, notamment protéiques. Le fort développement et la démocratisation des techniques « omics », notamment la protégénoomique, permet l'acquisition rapide de connaissances au niveau moléculaire sur les espèces non-modèles. A l'aide du protéome récemment décrit chez G. fossarum (Trapp et al. 2014), l'objectif de cette étude a été de développer une approche pour quantifier simultanément plusieurs protéines d'intérêt, valider leurs rôles physiologiques et enfin de les appliquer en surveillance recourant à une approche active par encagement in situ. En transposant les méthodologies récentes développées en santé humaine, nous avons mis en place un dosage par spectrométrie de masse en mode « Selected Reaction Monitoring » pour quantifier simultanément 25 protéines candidates (protéines spécifiques du sexe et/ou de fonctions physiologiques comme la mue, l'immunité, l'osmoregulation). L'identification de peptides protéotypiques spécifiques pour chaque protéine, et donc leur pertinence en tant que biomarqueurs chez G. fossarum, a été réalisée en quantifiant leur teneur au cours du cycle de mue/reproduction mâle et femelle, lors d'un stress de privation alimentaire, ou encore suite à une exposition à des contaminations, au laboratoire et in situ. Une contamination en cadmium à 2µg/L et en plomb à 10µg/L a modulé les niveaux d'expression de certaines protéines annotées comme la prophenoloxidase (mue et système immunitaire), la catalase (défense oxydative) et la GST (détoxification). Lors des expositions sur 17 stations du réseau de surveillance de l'agence de l'eau RMC, des protéines liées à la mue, telles que la chitinase et l'enzyme JHE-carboxylestérase, ont été significativement inhibées sur certains sites identifiés comme sous pression chimique. Cette méthodologie innovante en écotoxicologie offre une alternative valable aux protocoles actuellement utilisés pour le dosage de biomarqueurs, indirectes et couteux en temps et échantillons, ouvrant la voie à une application pratique des biomarqueurs protéiques dans pour la surveillance des milieux.
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Dates and versions

hal-02606958 , version 1 (16-05-2020)

Identifiers

Cite

D. Gouveia, Arnaud Chaumot, A. Charnot, C. Almunia, J. Armengaud, et al.. Protéomique ciblée pour la quantification multiplexée de biomarqueurs protéiques chez le crustacé Gammarus fossarum : perspectives pour la surveillance environnementale. Jun 2016, Lille, France. pp.30. ⟨hal-02606958⟩
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