Le substrat est une composante de la morphologie lacustre importante pour les biocénoses et le fonctionnement global des milieux lacustres. Sa caractérisation peut se faire soit par les méthodes traditionnelles (prélèvements à la benne, caméras étanches) qui ne permettent que des mesures ponctuelles, soit à l'aide d'échosondeurs, qui présentent l'avantage de produire une caractérisation plus large, à l'échelle de l'écosystème et qui sont non intrusifs. Nous présentons ici un protocole de caractérisation des substrats lacustres par hydroacoustique, reposant sur l'utilisation du système RoxAnn©, peu coûteux et d'utilisation relativement simple pour les gestionnaires, acteurs de l'eau, scientifiques… Nous décrivons succinctement les principes généraux et les différentes étapes de la méthode, depuis la mise en place du matériel sur le bateau jusqu'au traitement des données qui a fait l'objet d'un développement analytique. Cette méthode permet de décrire la nature des substrats des fonds et de les cartographier sans qu'aucune compétence particulière ne soit requise lors du traitement des données. Ces informations ainsi cartographiées peuvent permettre un suivi de l'évolution des fonds dans un écosystème donné. À terme, elles pourront être intégrées dans des indicateurs plus informatifs de la qualité ou diversité des substrats dans une perspective de description plus fonctionnelle ou d'analyse des réponses des biocénoses à leur environnement plus ou moins perturbé.