Des indices biologiques végétaux DCE-compatibles (IBD, IBMR) sont actuellement utilisés en routine dans les réseaux de surveillance pour diagnostiquer l'Etat Ecologique des cours d'eau français. Ils permettent de porter un diagnostic de l'état écologique, ainsi que du degré général d'altération causé par les impacts anthropiques, mais restent néanmoins perfectibles sur le plan d'altérations particulières que la DCE demande d'évaluer pour le diagnostic opérationnel et la reconquête de la qualité des milieux. Les travaux issus de la collaboration IRSTEA-LIEC (U. Metz) ont permis de publier un premier outil de diagnostic, semblable à celui développé pour le maillon des macro-invertébrés benthiques. Néanmoins, ces travaux reposent sur des indices qui ne reflètent que très peu la réponse des diatomées aux nitrates et des référentiels autoécologiques qui ont été développés il y a près de 20 ans dans un contexte biogéographique radicalement différent de la France. L'objectif de ce travail est d'élaborer un nouveau référentiel autoécologique centré sur la flore française et d'en tirer de nouvelles métriques permettant d'améliorer l'outil de diagnostic existant.