Le compostage et la méthanisation représentent des filières de traitement intéressantes dans la mesure où elles permettent une valorisation agronomique et /ou énergétique des effluents et déchets organiques. Toutefois, garantir l'innocuité des composts et des digestats lors de leur retour au sol constitue un enjeu sanitaire majeur. En effet, parmi les substrats transformés par ces filières, certains, à l'exemple des boues de stations d'épuration et des effluents d'élevage, peuvent contenir des micro-organismes pathogènes d'origine intestinale (virus, bactéries, parasites). Par ailleurs, quel que soit l'hôte (animal ou Homme), l'administration d'antibiotiques conduit à une sélection de bactéries intestinales résistantes, capables de survivre dans les effluents. Il est donc important d'estimer l'impact de ces deux filières sur les agents pathogènes et les bactéries résistantes aux antibiotiques. En raison de la diversité des agents pathogènes et de leur faible concentration, leur comportement est souvent estimé par le suivi de bactéries indicatrices d'efficacité de traitement (encore appelées indicateurs de traitement). Celles-ci permettent d'évaluer le potentiel hygiénisant des procédés de traitement ainsi que le niveau de contamination du produit obtenu (compost ou digestat). Plusieurs groupes ou espèces bactériennes ont été retenus à l'exemple des coliformes fécaux, de Escherichia coli, des entérocoques intestinaux et de Clostridium perfringens (bactérie capable de sporuler et donc dotée d'une capacité de survie supérieure à celles des indicateurs précédemment cités).