Dans le cadre de la programmation pluriannuelle Aquaref, Irstea est impliqué depuis 2012 dans une action inter-organismes (Fiche-Action B) qui vise à évaluer et à quantifier les incertitudes liées aux méthodes hydrobiologiques utilisées dans le cadre de la surveillance et de l'évaluation des hydrosystèmes de France. Durant les deux premiers cycles de gestion des Masses d'Eau, les résultats des méthodes abiotiques et biologiques de surveillance des hydrosystèmes étaient utilisés directement, sans estimation d'intervalle de confiance spécifique aux méthodes élémentaires. Faute de processus plus raffiné, l'incertitude attachée à l'évaluation des Masses d'Eau était abordée par un système simple et global d'appréciation du niveau de confiance attribuable à chaque étape du processus de classification, qui s'appuyait sur un arbre de décision faisant partie intégrante des Circulaires et Arrêtés d'Evaluation successivement en vigueur (2005, puis 2010). Cependant, cette pratique ne répondait que partiellement aux attentes de la DCE, qui demande notamment de mieux cerner l'incertitude associée à chaque méthode biologique indicielle, afin d'assortir le résultat obtenu d'un intervalle de confiance permettant de consolider l'évaluation d'état écologique. Dans ce contexte général, sous l'égide d'Aquaref, un travail d'état de l'art, de bilan d'étape, de réflexion et de proposition méthodologique pour une meilleure prise en compte de l'incertitude en hydrobiologie a été réalisé en 2012, qui s'est appuyé sur les réflexions menées par le réseau partenarial inter-organismes de ce consortium dans le cadre du groupe de travail national « Incertitude ». Ce travail s'est conclu par l'édition d'un rapport à dominante méthodologique intitulé « L'incertitude en hydrobiologie : concepts et applications ». A la suite de cette réflexion structurante menée par le collectif Aquaref, il a notamment été décidé de lancer, à partir de l'année 2013, un programme national de collecte de données inter-opérateurs permettant de travailler sur les incertitudes liées à l'application du protocole d'acquisition de la donnée hydrobiologique pour deux méthodes végétales : la méthode « diatomées en cours d'eau » et la méthode « macrophytes en cours d'eau ». C'est dans ce cadre que la présente étude, qui avait pour but de quantifier l'incertitude liée à l'effet inter-opérateurs dans le cadre de l'application de l'IBD 2007 sur cours d'eau, a démarré par la réalisation de 2 campagnes annuelles de prélèvements 2013 et 2014, réalisées conjointement par 3 types de partenaires différents (diatomistes des DREAL, de Bureaux d'Étude et d'Irstea). Un rapport d'étape, rédigé par Irstea fin 2015, établissait un bilan d'avancement et tirait les premiers enseignements opérationnels de ce premier volet d'étude. Le présent rapport final reprend l'exploitation de cette première démarche centrée sur l'effet inter-opérateurs et aborde ensuite les deux aspects complémentaires suivants : Volet 2 : Etude de la variabilité interannuelle des notes d'indices attribuable à la variabilité naturelle du milieu, Volet 3 : Evaluation d'impact de la variabilité des notes liées à l'effet inter-opérateur sur l'incertitude d'attribution d'une classe d'état écologique sur un site à partir du compartiment diatomique, à 2 niveaux différents de résolution temporelle (à l'année, puis par demi-Plan de Gestion des Masses d'Eau). Au final, les résultats de cette étude considérée dans sa globalité permettent de mieux cerner l'incertitude occasionnée par deux sources principales de variabilités sur les résultats d'une méthode hydrobiologique d'évaluation (l'IBD 2007 sur cours d'eau), et de cadrer statistiquement la robustesse globale de l'évaluation d'état écologique ainsi produite dans le cadre d'application de la DCE.