Au cours de ses 30 ans d'existence, le PIREN Seine s'est donné les moyens d'étudier les cycles de matières dans le bassin de la Seine. Les chercheurs ont étudié la production, l'utilisation, la transformation et la circulation de ces éléments nutritifs ou polluants en considérant le bassin à la fois comme un système et comme un territoire. Si ces deux notions peuvent s'enrichir mutuellement, elles viennent de deux traditions différentes qui n'accordent pas la même place et le même poids aux structures et aux fonctions. La communication portera sur les hypothèses implicites et les questions vives à l'interface de ces deux approches. Dans une première partie on caractérisera les hypothèses d'une analyse des flux de matière qui convoque le social dans son approche système en la situant dans la littérature politique sur la crise écologique. On montrera quels sont les éléments du social qui ne se retrouvent pas dans cette analyse des flux de matière. On présentera alors comment se pose aujourd'hui la question de l'adéquation du territoire à la gestion des flux ou « functional fit ». Dans une seconde partie on fera la démarche inverse. On caractérisera les hypothèses d'une analyse territoriale des matières en la situant également dans la littérature politique sur la crise écologique. On montrera qu'il existe plusieurs approches territoriales qui n'accordent pas le même statut à la matière. On présentera alors comment la question de la territorialité permet de revisiter les questions d'inégalités et de solidarités sociales et environnementales.