Les gènes impliqués dans la fonction de reproduction comptent parmi les gènes qui présentent une évolution particulièrement rapide, c’est-à-dire possédant des caractéristiques fonctionnelles différentes entre espèces proches. Cette évolution rapide peut se faire à travers la naissance de gènes chez les mammifères, comme c’est le cas de nombreux gènes d’expression exclusivement ovocytaire (KHDC1, NALP, etc.). Elle peut également se faire par mort de gènes par pseudogénisation (par transformation en un pseudo-gène bien que tous les pseudogènes n’aient pas les mêmes mécanismes de formation), comme les gènes codant les protéines de la zone pellucide, progressivement perdus au cours de l’évolution des vertébrés. Cette évolution peut également se réaliser par sélection positive, comme c’est le cas de gènes codant les Odorant Binding Proteins ou le récepteur GPR50 de la famille des gènes codant les récepteurs de la mélatonine. Nombre de ces évolutions sont très probablement apparues par hasard ; elles ont abouti à des modèles vivants adaptés à l’environnement du moment et ont été conservées. La description de l’ensemble de ces événements et des mécanismes moléculaires qui les sous-tendent sont autant de défis à relever dans les prochaines années, grâce notamment aux séquençages des génomes entiers et aux outils mathématiques dédiés à la phylogénie.