Prendre en charge les problématiques environnementales qui s’expriment au niveau du paysage et gérer durablement les ressources naturelles implique d’aborder la conception de systèmes techniques agricoles à l’échelle territoriale. Cet article propose une revue des enjeux liés à la conception de systèmes culture-élevage au niveau du territoire en réponse à la spécialisation des exploitations. Une méthode de conception participative est proposée, dans laquelle le dispositif de conception est construit autour des enjeux du territoire et des objectifs des acteurs partenaires. Cette méthode vise à répondre aux trois défis de l’intégration culture – élevage : manipuler différentes échelles emboitées, faciliter les coordinations entre acteurs, et décider en situation d’incertitude et d’incomplétude des connaissances. Elle se structure en six étapes de contextualisation, problématisation, diagnostic, conception, évaluation et mise en discussion de scénarios d’intégration culture – élevage. Deux études de cas, différentes en termes d’échelles et d’objectifs, illustrent la mise en œuvre de cette méthode. L’analyse transversale de ces études de cas montre le caractère générique de la démarche et les adaptations nécessaires. Enfin, nous discutons les implications des choix méthodologiques sur la nature et les performances des systèmes conçus. Cette méthode propose un champ d’exploration singulier dans le design territorial, qui reste limité notamment aux aspects techniques des systèmes de production, plus ou moins spatialisés, mais sans prise en charge des aspects paysagers et des divers écosystèmes dans lesquels ils s’intègrent.