L’évolution des technologies d’analyse du génome et de typage à haut débit, single nucleotide polymorphism (SNP), et gènes multiples, ne sont plus un facteur limitant pour de potentielles applications découlant de l’étude des grandes fonctions biologiques et des mécanismes de régulation de l’expression des gènes. Le phénotypage est main‑ tenant devenu, chez les plantes comme chez les animaux, le facteur limitant pour inférer une relation fiable entre géno‑ type et phénotype. En outre, sans plus de réflexion, on peut être tenté d’effectuer de très nombreuses mesures phé‑ notypiques, de peur de « rater » quelque chose, quitte à effectuer des mesures inutiles et coûteuses. Ce qui est donc surtout difficile, c’est de trouver le bon « grain » de phénotypage. Nous proposons de présenter ici deux exemples de phénotypage dont le « grain » est très adapté à la question posée, ce qui permet de trouver des applications directes de terrain avec des inférences génotype/phénotype adaptées. Ces travaux, menés dans le cadre d’UMT (Unités Mixtes Technologiques) et du Gis (Groupement d’intérêt scientifique) Agenae (Analyse du génome des animaux d’élevage), associant l’Inra, instituts techniques et les filières d’élevage (Apisgene, Bioporc, Agenavi, Cipa, IFCE), témoignent de l’importance d’associer conjointement la recherche et le développement pour intégrer les innovations en élevage.