Les plantes sont associées à une myriade de microorganismes regroupés sous le terme de microbiote. L’association d’une plante et de son microbiote représente un holobionte dont la performance est influencée par la nature des interactions entre ses composantes végétale et microbienne. Ainsi, les plantes favorisent le développement et les activités de populations microbiennes particulières dans leur rhizosphère via la libération d’une part importante de leurs photosynthétats sous forme de composés organiques (rhizodépôts) ; réciproquement certaines de ces populations promeuvent la nutrition, la croissance et la santé de la plante-hôte. Ainsi, le coût représenté par la libération des rhizodépôts est balancé par les effets bénéfiques des populations entretenues par ces rhizodépôts. En termes d’écologie et d’évolution, les holobiontes comportant une proportion élevée de populations/gènes microbiens bénéfiques au sein de leur microbiote sont plus performants et donc mieux disséminés. Cependant, la domestication des espèces végétales et d’une façon plus générale l’intensification de l’agriculture a pu minimiser ces interactions bénéfiques. Un enjeu majeur de l’agroécologie est de préserver et valoriser ces interactions plantes-microorganismes afin de limiter l’usage d’intrants de synthèse (engrais, pesticides). Cela nécessite de connaitre et comprendre ces interactions et en particulier d’identifier i) les traits végétaux contribuant au recrutement de populations microbiennes favorables ainsi que ii) les traits microbiens responsables des effets bénéfiques sur la plante-hôte. Des illustrations dans ces domaines sont présentées ainsi que des perspectives d’application.